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392189 Algorithms for Genome Rearrangement (V) (SoSe 2016)

Inhalt, Kommentar

Viele Fragestellungen in der Molekularbiologie, der Phylogenetik und der Biomedizin lassen sich durch den Vergleich von zwei oder mehr Genomen behandeln. Da ein globales Alignment von Genomen oft nicht möglich oder extrem aufwändig zu berechnen ist, wurden Vergleichsmethoden entwickelt, die auf der höheren Ebene der Reihenfolge der Gene oder anderer eindeutiger Genomabschnitte ansetzen.

In dieser Vorlesung werden verschiedene Modelle auf dieser höheren Ebene und darauf basierende Vergleichsmethoden behandelt. Wir beginnen mit einfachen Distanzmaßen wie der Breakpoint-Distanz, gefolgt von komplexeren Modellen wie der SCJ-, der DCJ-, der Inversions- und der allgemeinen Rearrangement-Distanz. Auch werden wir Methoden zum Auffinden von evolutionär konservierten, funktionellen Genclustern behandeln. Schließlich werden die Schwierigkeiten thematisiert, die auftreten, wenn sich vorab keine eindeutigen Genomabschnitte finden lassen, z.B. weil die Genome einzelne duplizierte Abschnitte enthalten.

Die behandelten Algorithmen sind meist kombinatorischer Natur, ähnlich wie in der Sequenzanalyse.

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Notwendig: Algorithmen und Datenstrukturen (oder Vergleichbares).
Empfohlen: Sequenzanalyse und Grundlagen der Genomforschung.

Lehrende

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Klausuren

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Fachzuordnungen

Modul Veranstaltung Leistungen  
39-Inf-SAB_a Spezielle Algorithmen der Bioinformatik Ausgewählte Vorlesung zu Spezielle Algorithmen der Bioinformatik unbenotete Prüfungsleistung
benotete Prüfungsleistung
Studieninformation

Die verbindlichen Modulbeschreibungen enthalten weitere Informationen, auch zu den "Leistungen" und ihren Anforderungen. Sind mehrere "Leistungsformen" möglich, entscheiden die jeweiligen Lehrenden darüber.

Studiengang/-angebot Gültigkeit Variante Untergliederung Status Sem. LP  
Bioinformatik und Genomforschung / Bachelor (Einschreibung bis SoSe 2011) Spezielle Algorithmen; Angewandte Algorithmik Wahlpflicht 4. 6. 4 Vorlesung und Übung  
Informatik / Bachelor (Einschreibung bis SoSe 2011) Nebenfach Angewandte Algorithmik Wahlpflicht 6. 4 Vorlesung und Übung  
Naturwissenschaftliche Informatik / Bachelor (Einschreibung bis SoSe 2011) Angewandte Algorithmik Wahlpflicht 6. 4 Vorlesung und Übung  
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Angewandte Algorithmik Wahlpflicht 2. 4 Vorlesung und Übung  
Konkretisierung der Anforderungen
Keine Konkretisierungen vorhanden
Lernraum
TeilnehmerInnen
Automatischer E-Mailverteiler der Veranstaltung
Änderungen/Aktualität der Veranstaltungsdaten
Sonstiges