392017 Phylogenetics (V) (WiSe 2024/2025)
Contents, comment
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Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik und umfasst ein großes Repertoire an algorithmischen Problemstellungen und Lösungstechniken. In dieser Vorlesung werden traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Dabei liegt ein klarer Schwerpunkt auf der algorithmischen Problembehandlung, welche über die Phylogenetik hinaus Anwendung finden:
- Graphentheorie
- Dynamische Programmierung
- Komplexitätsanaylse
- Clusteringverfahren
- Maximum Likelihood
Themen werden u.a. sein:
- Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
- Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
- Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
- Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
- Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen
Die Vorlesung wird je nach pandemischer Lage in Präsenz oder online abgehalten werden. Inhalte sind in einem ausführlichen Vorlesungsskript erläutert und werden per (Online-)Vorlesung und -Tutorium (live) mithilfe von weiteren Abbildungen und des Einsatzes viel farbiger Kreide bzw. eines digitalen Whiteboards erarbeitet. Weitere Details hierzu werden im Lernraum bekanntgegeben.
Bibliography
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- J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
- R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
- D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
- D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
- M.A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.
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Teaching staff
Dates ( Calendar view )
| Frequency | Weekday | Time | Format / Place | Period | |
|---|---|---|---|---|---|
| weekly | Do | 10-12 | X-E0-213 | 07.10.2024-31.01.2025
not on: 11/21/24 / 12/26/24 / 1/2/25 |
Examinations
| Date | Time | Format / Room | Comment about examination |
|---|---|---|---|
| Thursday, February 13, 2025 | 10-12 | U10-146 | Klausur |
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Subject assignments
| Module | Course | Requirements | |
|---|---|---|---|
| 39-Inf-AB Algorithmen der Bioinformatik | Ausgewählte Vorlesung zu Algorithmen der Bioinformatik | Ungraded examination
Graded examination |
Student information |
| 39-Inf-WP-AP Algorithmen & Programmierung (Basis) | Einführende Vorlesung | Student information | |
| - | Graded examination | Student information | |
| 39-Inf-WP-AP-x Algorithmen & Programmierung (Schwerpunkt) | Einführende Veranstaltung Seminar o. Vorlesung | Student information | |
| - | Graded examination | Student information | |
| 39-Inf-WP-CLS Computational Life Sciences (Basis) | Einführende Vorlesung | Student information | |
| - | Graded examination | Student information | |
| 39-Inf-WP-CLS-x Computational Life Sciences (Schwerpunkt) | Einführende Veranstaltung Seminar o. Vorlesung | Student information | |
| - | Graded examination | Student information |
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- E-Learning Space
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- Coverage:
- 13 Students to be reached directly via email
- Notes:
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- Number of entries 2
- Open email archive
- Last update basic details/teaching staff:
- Monday, May 27, 2024
- Last update times:
- Friday, November 22, 2024
- Last update rooms:
- Friday, November 22, 2024
- Type(s) / SWS (hours per week per semester)
- lecture (V) / 2
- Department
- Faculty of Technology
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