392159 Optimization of Microarray Design (Pj) (WiSe 2005/2006)

Inhalt, Kommentar

This project concerns the layout of (high-density) oligonucleotide microarrays. Microarrays are one of the most important tools for gene expression studies. The chips produced by Affymetrix are considered the industry standard. They contain more than one million spots, with each spot accommodating several million copies of a probe. Probes are typically 25 nt long and are synthesized on the chip, in parallel, with the help of a photolithographic mask.

We are interested in finding a good arrangement of the probes on the chip surface maximizing a particular quality measure. This is an interesting combinatorial problem. It can be seen as an instance of a Quadratic Assignment Problem (QAP). However, QAP is notoriously hard (an exact solution for problem sizes larger than n=10 are not computable in a reasonable time). Therefore, we need heuristic algorithms to find good (but not necessarily optimal) solutions.

The main goal of this project is thus to implement heuristic algorithms in an existing framework. Some of the concepts that might be involved are: a) string algorithms: sequence alignment, shortest common supersequence; b) dynamic programming; c) graph algorithms (TSP, perfect matching); d) greedy and partitioning heuristics.

Students will choose one or more projects during the semester (depending on their complexity). Work can be accomplished alone or in pairs. The main goal is not only to implement the algorithms but also to evaluate them.

We will be meeting once a week (at least in the beginning). Time and place are yet to be determined.

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

As for prerequisites, you should be proficient in a high-level programming language as this project is very much focused on programming assignments. Anyone with Java, Perl or Python will benefit from reusing existing code. Experience with data structures, string algorithms, dynamic programming and graph algorithms are a plus. You should also be able to work reasonably well in English. No biology background is required.

Lehrende

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Klausuren

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Fachzuordnungen

Studiengang/-angebot Gültigkeit Variante Untergliederung Status Sem. LP  
Graduate School in Bioinformatics and Genome Research / Promotion   5 scheinfähig benotet/unbenotet Graduierte
Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom (Einschreibung bis SoSe 2004) BioI   HS

Keine Konkretisierungen vorhanden
Kein Lernraum vorhanden
registrierte Anzahl: 2
Dies ist die Anzahl der Studierenden, die die Veranstaltung im Stundenplan gespeichert haben. In Klammern die Anzahl der über Gastaccounts angemeldeten Benutzer*innen.
Teilnahmebegrenzung:
Begrenzte Anzahl Teilnehmer*innen: 6
Adresse:
WS2005_392159@ekvv.uni-bielefeld.de
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Falls die Belegnummer mehrfach im Semester verwendet wird können Sie die folgende alternative Verteileradresse nutzen, um die Teilnehmer*innen genau dieser Veranstaltung zu erreichen: VST_389888@ekvv.uni-bielefeld.de
Reichweite:
Keine Studierenden per E-Mail erreichbar
Hinweise:
Weitere Hinweise zu den E-Mailverteilern
Letzte Änderung Grunddaten/Lehrende:
Freitag, 11. Dezember 2015 
Letzte Änderung Zeiten:
Montag, 12. September 2005 
Letzte Änderung Räume:
Montag, 12. September 2005 
Art(en) / SWS
Pj / 4
Einrichtung
Technische Fakultät
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389888
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