Genome-scale algorithmics, 2 ECTS, 4*3 hours lectures, 2*2 hours exercises
Exercise 1: Home assignments to apply invariant technique in dynamic programming to e.g. adapter filtering, SOLiD vs. normal read overlaps. Algorithm simulations to understand FMindex / search space pruning, developing local alignment version of the search algorithm
Exercise 2: Adding gap-restrictions to co-linear chaining, studying some internal data structures to implement the studied FM-index variants.
You find the exercises for the lecture on the following web page:
http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/Teaching/2012winter/algGR
Die Übungen werden in englischer Sprache gehalten.
Rhythmus | Tag | Uhrzeit | Format / Ort | Zeitraum |
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Modul | Veranstaltung | Leistungen | |
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39-M-Inf-AG Algorithmen in der Genomforschung | Algorithmen in der Genomforschung | benotete Prüfungsleistung
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Studieninformation |
Die verbindlichen Modulbeschreibungen enthalten weitere Informationen, auch zu den "Leistungen" und ihren Anforderungen. Sind mehrere "Leistungsformen" möglich, entscheiden die jeweiligen Lehrenden darüber.
Studiengang/-angebot | Gültigkeit | Variante | Untergliederung | Status | Sem. | LP | |
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Bioinformatik und Genomforschung / Bachelor | (Einschreibung bis SoSe 2011) | Individueller Ergänzungsber | Wahl | 5. | unbenotet LP s. Vorlesung | ||
Bioinformatik und Genomforschung / Master | (Einschreibung bis SoSe 2012) | Algorithmen in der Genom | Wahlpflicht | 1. | unbenotet LP s. Vorlesung | ||
Bioinformatik und Genomforschung / Promotion | Indiv. Erg. | Wahl | |||||
Molekulare Biotechnologie / Diplom | (Einschreibung bis SoSe 2004) | HS | |||||
Molekulare Biotechnologie / Master | (Einschreibung bis SoSe 2012) | Algorithmen in der Genomfors | Wahlpflicht | 1. | unbenotet LP s. Vorlesung | ||
Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom | (Einschreibung bis SoSe 2004) | Biologie | HS | ||||
Naturwissenschaftliche Informatik / Master | (Einschreibung bis SoSe 2012) | Algorithmen in der Genomf | Wahlpflicht | 1. | unbenotet LP s. Vorlesung |