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Modul 39-M-Inf-AG Algorithmen in der Genomforschung

Fakultät

Modulverantwortliche/r

Turnus (Beginn)

Jedes Wintersemester

Leistungspunkte und Dauer

10 Leistungspunkte

Die Angaben zur Moduldauer finden Sie bei den Studiengängen, in denen das Modul verwendet wird.

Kompetenzen

Die Studierenden sollen aktuelle bioinformatische Methoden der Genomforschung kennenlernen und praktische Erfahrung mit diesen sammeln. Dies umfasst sowohl die zugrundeliegenden mathematischen und algorithmischen Techniken als auch die Kenntnis geeigneter Softwarewerkzeuge, die diese Techniken implementieren. Im Praktikum sollen auch kleinere Eigenentwicklungen erstellt und an realen Daten getestet werden.
Während die Vorlesung zunächst einen Überblick über die existierenden Algorithmen gibt, werden im Praktikum verschiedene Softwarewerkzeuge kennengelernt, die diese Algorithmen implementieren. Dies geschieht in Form von 10-15 Praktikumsaufgaben, die mit Hilfe eines oder mehrerer Werkzeuge gelöst werden müssen, ggf. unter Zuhilfenahme selbstgeschriebener Skripte. Die Ergebnisse werden im Plenum präsentiert.

The students learn about up-to-date bionformtics methods in genome research. This covers basic mathematical and algorithmical skills and knowledge of suitable software tools that implement these techniques. In the practical course some smaller software tools will be implemented and tested with real data sets.
During the lecture the students get an overview of existing algorithms, in the exercises they learn about different software tools that implement these algorithms. This will happen with 10-15 laboratory exercises that have to be solved with the software tools, sometimes using of self-written scripts. The results will be presented in the plenum.

Lehrinhalte

In diesem Modul werden verschiedene bioinformatische Techniken in der Genomforschung behandelt. Hierunter fallen Algorithmen zur Genomkartierung und -assemblierung, Methoden zur funktionellen Genomannotation, insbesondere Genvorhersage und -funktionsbestimmung, Verfahren zur Analyse von DNA-Microarrays und Massenspektren, Methoden und Modelle zur Proteinstrukturvorhersage sowie Algorithmen zum Vergleich zweier oder mehrerer Genome.

In this module different bionformatical techniques will be handled, e.g. algorithms for genome mapping and assembling, methods for functional genome annotation, in particular gene prediction and function identification, techniques for analyses of DNA-Microarrays and mass spectrums, methods and modells for protein structure prediction and algorithms for comparison with two or more genomes.

Empfohlene Vorkenntnisse

Grundkenntnisse in Algorithmen und Datenstrukturen, Sequenzanalyse und Genomforschung

Basic knowledge in Algorithms and Data Structures, Sequence Analysis and Genome Research

Notwendige Voraussetzungen

Erläuterung zu den Modulelementen

Die Modul(teil)prüfung kann in einigen Studiengängen nach Wahl der Studierenden auch "unbenotet" erbracht werden. Vor Erbringung ist eine entsprechende Festlegung vorzunehmen, eine nachträgliche Änderung (benotet - unbenotet) ist ausgeschlossen. Wird diese Option gewählt, ist es nicht möglich, dieses Modul zu verwenden, um es in einen Studiengang einzubringen, in dem dieses Modul bei der Gesamtnotenberechnung berücksichtigt wird.

The (partial) examination of the module can be performed as "ungraded" in some study programs at the students choice. Before the examination a respective determination must be carried out, a later modification (graded - ungraded) is impossible. If the "ungraded" option is chosen, it is not possible to include this module in a study program where this module is deemed to enter the calculation of the overall grade.

Modulstruktur: 1 SL, 0-1 bPr, 0-1 uPr 1

Veranstaltungen

Titel Art Turnus Workload (Kontaktzeit + Selbststudium) LP2
Algorithmen in der Genomforschung Übung WiSe 60h (30 + 30) 2 [Pr] [Pr]
Algorithmen in der Genomforschung Vorlesung WiSe 60h (30 + 30) 2
Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung Praktikum SoSe 150h (60 + 90) 5 [SL]

Studienleistungen

Veranstaltung Workload LP2
Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung (Praktikum)

Selbstständiges Bearbeiten von Praktikumsaufgaben

autonomous dealing of exercises in the practical course

siehe oben siehe oben
Diese Leistung kann gemeldet und verbucht werden.

Prüfungen

Organisatorische Zuordnung Art Gewichtung Workload LP2
Algorithmen in der Genomforschung (Übung)

In einigen Studiengängen der Technischen Fakultät kann die Modulprüfung nach Wahl der Studierenden auch "unbenotet" erbracht werden (s. Erläuterungen zu den Modulelementen und die jeweilige FsB). Wird die unbenotete Option gewählt, ist es nicht möglich, dieses Modul zu verwenden, um es in einen Studiengang einzubringen, in dem dieses Modul bei der Gesamtnotenberechnung berücksichtigt wird.
Erläuterungen zu dieser Prüfung siehe unten (benotete Prüfungsvariante).

mündliche Prüfung unbenotet 30h 1
Diese Leistung kann gemeldet und verbucht werden.
Algorithmen in der Genomforschung (Übung)

Mündliche Prüfung (ca. 15-25 min.) über die Inhalte von Vorlesung und Übungen.

oral examamination (15-25 min.) about the contents of lecture and exercises

mündliche Prüfung 1 30h 1
Diese Leistung kann gemeldet und verbucht werden.

In diesen Studiengängen wird das Modul verwendet:

Studiengang Empf. Beginn 3 Dauer Bindung 4
Bioinformatik und Genomforschung / Master of Science 1. zwei Semes­ter Wahl­pflicht
Bioinformatik und Genomforschung / Master of Science [FsB vom 17.12.2012 mit Änderungen vom 15.04.2013, 15.10.2014, 02.03.2015, 17.08.2015 und Berichtigungen vom 17.11.2014 und 01.12.2015] 1. zwei Semes­ter Wahl­pflicht
Naturwissenschaftliche Informatik / Master of Science 1. zwei Semes­ter Wahl­pflicht
Naturwissenschaftliche Informatik / Master of Science [FsB vom 17.12.2012 mit Änderungen vom 15.04.2013, 01.04.2014, 15.10.2014, 02.03.2015, 01.12.2015 und Berichtigungen vom 01.04.2014, 17.11.2014 und 12.07.2017] 1. zwei Semes­ter Wahl­pflicht

Automatische Vollständigkeitsprüfung

In diesem Modul kann eine automatische Vollständigkeitsprüfung vom System durchgeführt werden.

Legende

1
Die Modulstruktur beschreibt die zur Erbringung des Moduls notwendigen Prüfungen und Studienleistungen.
2
LP ist die Abkürzung für Leistungspunkte.
3
Die Zahlen in dieser Spalte sind die Fachsemester, in denen der Beginn des Moduls empfohlen wird. Je nach individueller Studienplanung sind gänzlich andere Studienverläufe möglich und sinnvoll.
4
Erläuterungen zur Bindung: "Pflicht" bedeutet: Dieses Modul muss im Laufe des Studiums verpflichtend absolviert werden; "Wahlpflicht" bedeutet: Dieses Modul gehört einer Anzahl von Modulen an, aus denen unter bestimmten Bedingungen ausgewählt werden kann. Genaueres regeln die "Fächerspezifischen Bestimmungen" (siehe rechtes Menü).
SL
Studienleistung
Pr
Prüfung
bPr
Anzahl benotete Modul(teil)prüfungen
uPr
Anzahl unbenotete Modul(teil)prüfungen
Diese Leistung kann gemeldet und verbucht werden.
Diese Leistung kann gemeldet und verbucht werden.