392012 Sequenzanalyse II (V) (SoSe 2012)

Algorithmische Fragestellungen bei der Analyse endlicher Zeichenketten werden in der mathematischen und informatischen Literatur schon seit langer Zeit untersucht. Einen deutlichen Schub hat diese Forschung in den 1980er und 1990er Jahren durch das Aufkommen der Bioinformatik erhalten. Dieser Schub begründet sich einerseits qualitativ durch neue Fragestellungen aus der bioinformatischen Anwendung, andererseits quantitativ durch die enorme Größe der Datenmengen, mit denen man es im bioinformatischen Kontext zu tun hat.

Diese Vorlesung setzt die Veranstaltung " Sequenzanalyse I" aus dem WS 2011/12 fort, in der algorithmische Fragestellungen in der Sequenzanalyse behandelt werden, die durch die Bioinformatik aufgeworfen werden. Behandelte Themengebiete sind das paarweise und multiple Sequenzalignment in verschiedenen Varianten: linearer Platzbedarf, längennormalisierte Scores, parametrisches Alignment, exakte und heuristische Verfahren.

Zu dieser Veranstaltungen wird eine freiwillige Übung im Individuellen Ergänzungsbereich angeboten, ähnlich der Tutorien zu Sequenzanalyse I im Wintersemester.