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209806 Mastermodul VI: Angewandte Bioinformatik Teil 1 (V+Ü) (WiSe 2020/2021)

Inhalt, Kommentar

In dieser Vorlesung werden praktische Anwendungen und Problemstellungen beim Einsatz bioinformatischer Techniken in der Genomforschung behandelt. Das Modul basiert auf den praktischen Erfahrungen der in Bielefeld durchgeführten Genom- und Postgenomprojekte. Die folgenden Bereiche sollen abgedeckt werden: Datenformate der Bioinformatik, Sequenzerstellung/Genomassemblierung, Genvorhersage (besonders bei Prokaryonten mit einem Seitenblick auf Eukaryonten), Genomannotation, (hier besonders verfügbare Werkzeuge und Datenbanken), Speicherung und Analyse von Expressionsdaten, DNA Microarrays und Massenspektren. In Ergänzung zu den theoretischen Kenntnissen sollen die Studierenden die praktische Anwendung der bioinformatischen Methoden der Genomforschung erlernen. Neben der Kenntnis der Softwarewerkzeuge und Datensammlungen und ihres jeweiligen Einsatzbereiches und der Fähigkeit entsprechende automatisierte Pipelines zu erstellen, soll auch die Qualitätsabschätzung der gewonnenen Ergebnisse behandelt werden. Im zugehörigen Praktikum im SS werden Pipelines für beispielhafte Probleme aus realen Genomprojekten durch die Studierenden erstellt und gemeinsam bewertet. Die dazu erforderlichen grundlegenden Kenntnisse in der Programmiersprache Perl werden in der Übung erarbeitet.

Lehrende

Termine (Kalendersicht )

Rhythmus Tag Uhrzeit Ort / Format Zeitraum  
wöchentlich Mi 12-14 V6-138, V6-116 26.10.2020-12.02.2021 Vorlesung
nach Vereinbarung   26.10.2020-12.02.2021 Übung

Klausuren

  • Keine gefunden

Fachzuordnungen

Modul Veranstaltung Leistungen  
20-GBSB-MM-VI Angewandte Bioinformatik Angewandte Bioinformatik I Studienleistung
benotete Prüfungsleistung
Studieninformation
20-GBSB-MM-VI_a Angewandte Bioinformatik Angewandte Bioinformatik I Studienleistung
benotete Prüfungsleistung
Studieninformation
Angewandte Bioinformatik II unbenotete Prüfungsleistung
Studieninformation

Die verbindlichen Modulbeschreibungen enthalten weitere Informationen, auch zu den "Leistungen" und ihren Anforderungen. Sind mehrere "Leistungsformen" möglich, entscheiden die jeweiligen Lehrenden darüber.

Konkretisierung der Anforderungen
Keine Konkretisierungen vorhanden
Lernraum
Teilnehmer*innen
Automatischer E-Mailverteiler der Veranstaltung
Änderungen/Aktualität der Veranstaltungsdaten
Sonstiges