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392224 Software tools in Bioinformatics (S) (WiSe 2019/2020)

Inhalt, Kommentar

In this seminar, students will choose, study and present one of the recent bioinformatic software tools published in peer-reviewed journals. The students are encouraged to suggest topics and tools of their interest or choose one of the following topics (shortlists of tools and a review article for topics will be provided):

  • Biclustering
  • Read Alignment
  • SNP Calling
  • Gene Expression Quantification
  • Gene Prioritization
  • Untargeted Metabolomics
  • Metabolite quantification and identification
  • Peak alignment of metabolomics data
  • Metabolomics data pre-treatment(Scaling, transformation, and normalization)

The participants will give oral presentations (20-45 min’s, optimally about 25 min's) and prepare short summaries (ca. 8 pages) based on original research papers. In their reports, students must (i) briefly explain the problem solved by a selected tool (ii) describe the algorithm(s) implemented in this tool (iii) explain the choice of the tool among its analogs. At the end of the course, the students will peer-review their essays and revise them based on the received feedback.

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Requirements for participation and required level

Algorithmen und Datenstrukturen I und II oder Grundlagen der Programmierung oder Einführung in die Informatik I und II.

Lehrende

Termine (Kalendersicht )

Rhythmus Tag Uhrzeit Ort Zeitraum  
wöchentlich Mo 10-12 U10-146 07.10.2019-31.01.2020

Klausuren

  • Keine gefunden

Fachzuordnungen

Modul Veranstaltung Leistungen  
39-Inf-AB Algorithmen der Bioinformatik Ausgewähltes Seminar zu Algorithmen der Bioinformatik Studienleistung
Studieninformation
39-Inf-SAB_a Spezielle Algorithmen der Bioinformatik Ausgewähltes Seminar zu Spezielle Algorithmen der Bioinformatik Studienleistung
Studieninformation

Die verbindlichen Modulbeschreibungen enthalten weitere Informationen, auch zu den "Leistungen" und ihren Anforderungen. Sind mehrere "Leistungsformen" möglich, entscheiden die jeweiligen Lehrenden darüber.

Studiengang/-angebot Gültigkeit Variante Untergliederung Status Sem. LP  
Bioinformatik / Promotion Teaching assistance Wahl  
Studieren ab 50    
Konkretisierung der Anforderungen

Goals of the seminar

In this seminar students will develop skills necessary for:
independent reading and understanding of scientific texts (in English)

  • composition of a short written report (as a practice for the bachelor thesis)
  • oral presentation
  • peer-reviewing
Lernraum
TeilnehmerInnen
Automatischer E-Mailverteiler der Veranstaltung
Änderungen/Aktualität der Veranstaltungsdaten
Sonstiges