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392189 Algorithms in Comparative Genomics (V) (WiSe 2019/2020)

Inhalt, Kommentar

Many questions in molecular biology, phylogenetics, and biomedicine can be approached through comparison of two or more genomes. However, a global alignment of multiple large genomes is often infeasible or comes at great expense. It is more efficient to compare genomes on a higher level of abstraction, as given by the succession of single-copy genes or other kinds of unique genomic markers on the chromosomal sequences.

In this course, various models of higher level genome comparison are discussed. We start with the classical breakpoint distance, followed by other simple measures such as SC/J and DCJ. The reversal distance will be discussed, and a general genome rearrangement distance. We will also study methods for the reconstruction of ancestral genomes and gene clusters.

Algorithms discussed in this course are mostly combinatorial by nature, similar to the sequence analysis course.

This lecture can ideally be combined with the seminar "Applied Comparative Genomics" that is part of the same module (Special Algorithms in Bioinformatics): https://didy.uni-bielefeld.de/teaching/2019winter/applcompgenomics

This course is taught in German or English if needed.

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Required: Algorithms and Data Structures (or comparable)
Recommended: Sequence Analysis and Foundations of Genome Research

Externe Kommentarseite

https://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2019winter/cg

Lehrende

Termine (Kalendersicht )

Rhythmus Tag Uhrzeit Ort Zeitraum  
wöchentlich Do 10-12 U10-146 07.10.2019-31.01.2020
nicht am: 10.10.19

Klausuren

  • Keine gefunden

Fachzuordnungen

Modul Veranstaltung Leistungen  
39-Inf-SAB_a Spezielle Algorithmen der Bioinformatik Ausgewählte Vorlesung zu Spezielle Algorithmen der Bioinformatik unbenotete Prüfungsleistung
benotete Prüfungsleistung
Studieninformation

Die verbindlichen Modulbeschreibungen enthalten weitere Informationen, auch zu den "Leistungen" und ihren Anforderungen. Sind mehrere "Leistungsformen" möglich, entscheiden die jeweiligen Lehrenden darüber.

Konkretisierung der Anforderungen
Keine Konkretisierungen vorhanden
Lernraum
TeilnehmerInnen
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Sonstiges