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201080 Block: Anwendungen in der Genomforschung (Pr+Ü) (WiSe 2004/2005)
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- Vorbespr.: 09.03., 14 c.t., V6-138 Anmeldungen per email an fm@cebitec.uni-bielefeld.de
Contents, comment
-
Typische Genome enthalten Tausende von Genen. Die Auswertung dieser Datenflut ist nur mit bioinformatischen Methoden möglich. Im Rahmen dieses Blocks sollen von den Rohdaten vom Sequenzierautomaten bis zum fertig annotierten Genom alle Arbeitsschritte (zumindest exemplarisch) an einem Beispieldatensatz geübt werden. Dies beinhaltet die folgenden Teilschritte:
- UNIX Grundkenntnisse
- Datenmanagement (mit UNIX-Kommandozeile, das Werkzeug "make")
- Zusammenbau der Einzelsequenzen ("Assembly")
- Bestimmung von potentiellen Genen ("gene prediction")
- Vergleich mit Sequenzdatenbanken ("blast", "pfam")
- Erstellung einer Web-Oberfläche für die gesamten Daten
Die Teilnehmer erhalten die Möglichkeit, alle Arbeitsschritte selbest am Rechner durchzuführen und werden dabei unterstützt. (Rechner = UNIX) Teilnehmerkreis: Hauptstudium, Vorbereitung auf die Diplomarbeit. Scheinkriterien: regelmäßige Teilnahme, Vortrag, Protokoll oder Präsentation der eigenen im Rahmen des Blocks entwickelten Lösung.
Teaching staff
- Herr Dr. Folker Meyer
- Bannert
Dates ( Calendar view )
| Frequency | Weekday | Time | Format / Place | Period |
|---|
Subject assignments
| Degree programme/academic programme | Validity | Variant | Subdivision | Status | Semester | LP | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Bioinformatik und Genomforschung / Master | (Enrollment until SoSe 2012) | Algorithmen in der Genom | Wahlpflicht | 2. | 4 | unbenotet Beginn: 21.3.05 | |
| Biologie / Diplom | (Enrollment until WiSe 02/03) | f+g | Wahlpflicht | HS | |||
| Biologie / Lehramt Sekundarstufe II | A2+D3 | Wahlpflicht | HS | ||||
| Molekulare Biotechnologie / Diplom | (Enrollment until SoSe 2004) | HS | |||||
| Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom | (Enrollment until SoSe 2004) | BioI | Beginn: 21.3.05 HS |
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- Limitation of the number of participants:
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- If the reference number is used for several courses in the course of the semester, use the following alternative address to reach the participants of exactly this: VST_1119427@ekvv.uni-bielefeld.de
- Coverage:
- No students to be reached via email
- Notes:
- Additional notes on the electronic mailing lists
- Last update basic details/teaching staff:
- Friday, December 11, 2015
- Last update times:
- Friday, December 10, 2004
- Last update rooms:
- Friday, December 10, 2004
- Type(s) / SWS (hours per week per semester)
- internship (Pr) + exercise (Ü) / 8+2
- Department
- Faculty of Biology
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