392170 CELLmicrocosmos 1.1 Cell Explorer (Pj) (SoSe 2009)

Back to the roots! Es ist schon einige Zeit her, als das interdisziplinäre CELLmicrocosmos-Projekt mit der Idee begann, eine virtuelle Zellumgebung zu schaffen. Zu diesem Grundgedanken werden wir in diesem Projekt zurückkehren und dabei von den Ergebnissen der Vorgängerprojekte profitieren.

Während sich diese zu großen Teilen mit der Datenakquise beschäftigt haben, wird es in diesem Projekt darum gehen, diese Daten in ansprechender Form zu präsentieren und zu explorieren.

Orientierung wird hier die DisplayCell-Umgebung bieten, die seinerzeit in C++ programmiert wurde und auf amira basierte (Cm1).

Die Daten, die dargestellt werden sollen, beziehen sich auf

• 3D-PDB-Membranen
• 3D-Zellmodelle
• Metabolische Netzwerke
• Hintergrundinformationen zu den Zellkomponenten.

Die Basis für dieses Projekt wird der Zelleditor sein, der bereits erfolgreich für das Pathway Integration Projekt (Cm4) verwendet wurde.

Darüberhinaus soll im Rahmen dieses Projektes die 3D-Stereoskopie bei der Entwicklung zum Einsatz kommen, ein Verfahren, mit welchem sich optisch wahrnehmbare 3D-Räume schaffen lassen. Hierfür stehen drei Workstations in unserem Labor zur Verfügung.

Ein breites Themenspektrum kann auch diesmal abgedeckt werden:

• Einbinden neuer Layoutalgorithmen
• Entwicklung einer Plugin-Schnittstelle
• HTML-Seiten zu den Zellkomponenten erstellen und einbinden
• 3D-Modellierung von Zellmodellen
• Visualisierungs-Workflow-Automatisierung: Cm-Projekte nach 3ds max
• 3D-Mapping von Membranen
• 3D-Stereo-Effekt dynamisch anpassen
• Einbinden von Audio
• Webstart-Application
• Wii-Controller-Anbindung
• auch eigene Ideen sind willkommen!

Arbeitsaufwand studiengang-abhängig:
Der Arbeitsaufwand wird sich nach den jeweiligen CreditPoints richten.

Ablauf:
Die genauen Inhalte werden sich nach dem Kenntnisstand der Teilnehmer richten. Der zeitliche Ablauf des Projektseminars wird in den ersten Sitzungen festgelegt werden.
Möglicher Ablauf:
1. Recherche und Analyse zu bereits vorhandenen Ansätzen
2. Präsentation der Ergebnisse (Referate)
3. Konzeption des Projektes
4. Programmieren in Gruppen
5. Abschlußpräsentation

Programmiersprache:
Als Programmiersprache kommt eine Kombination aus Java und Java3D zum Einsatz.

Formate:
Die Zellkomponenten liegen im VRML97/WRL-Format vor. Zell-Editor-Dateien werden per XML verwaltet. Die Membranen liegen sowohl im PDB-Format als auch in einem projekt-eigenen XML-Format vor.

Vorbesprechung:
Mittwoch, 22.04.2008, 14:00 Uhr c.t., Raum C5-151

Requirements for participation, required level

Die Teilnehmer werden in alle Arbeitsprozesse wie Entwurf, Konzeption, Realisierung, Kommentierung etc. involviert sein. Eigeninitiative und -organisation sind wichtige Eigenschaften, die jeder Teilnehmer mit- und einbringen sollte.
Zellbiologische oder stoffwechsel-bezogene Vorkenntnisse sind sehr hilfreich, aber nicht obligatorisch für die Teilnahme. Erste programmierpraktische Erfahrungen sind für das große Projekt (10 CP) unabdingbar sowie natürlich die Bereitschaft, sich in die Theorie der jeweiligen Themengebiete einzuarbeiten.

Bibliography

weitere Infos:

External comments page

http://www.CELLmicrocosmos.org