392160 Computergestützte Analyse von Massenspektren (S) (SoSe 2005)
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Im Rahmen des Seminars soll von den Teilnehmern ein Programm erstellt werden, das die notwendigen Techniken zur Analyse eines Protein Mass Fingerprints (PMF) implementiert. Bekanntester Vertreter eines solchen Analyseprogramms ist das kommerzielle MASCOT-Paket.
PMFs sind eine der weitest verbreiteten Analysetechniken der Proteomik, und werden zur Identifikation von Proteinen durch Massenspektrometrie verwendet: Dabei werden die Proteine separiert, das separierte Protein i.d.R. mit Trypsin verdaut und das resultierende Massenspektrum mit theoretischen, aus einer Proteindatenbank generierten Spektren verglichen.
Das Programm soll:
- an das OpenSource-Projekt OpenMS angebunden werden
- an das Bielefelder Projekt ProDB angebunden werden
- in der Arbeitsgruppe entwickelte Algorithmen zum Alignment von Massenspektren verwenden
- zur Evaluation von "scoring schemes" verwendet werden
Teaching staff
Dates ( Calendar view )
| Frequency | Weekday | Time | Format / Place | Period | |
|---|---|---|---|---|---|
| weekly | Di | 10-12 | Unpublished | 12.04.-19.07.2005 |
Subject assignments
| Degree programme/academic programme | Validity | Variant | Subdivision | Status | Semester | LP | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Bioinformatik und Genomforschung / Bachelor | (Enrollment until SoSe 2011) | Modul 8; Modul 11 | Wahlpflicht | 6. | 4 | unbenotet | |
| Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom | (Enrollment until SoSe 2004) | BioI | HS |
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- Notes:
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- Last update basic details/teaching staff:
- Friday, December 11, 2015
- Last update times:
- Friday, December 3, 2004
- Last update rooms:
- Wednesday, February 9, 2005
- Type(s) / SWS (hours per week per semester)
- seminar (S) / 2
- Department
- Faculty of Technology
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