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392011 Grundlagen der Sequenzanalyse (V) (WiSe 2006/2007)

Inhalt, Kommentar

Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine,
Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern
werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet.
Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft
ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische
Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von
Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen
behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische
Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen
Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Algorithmen und Datenstrukturen I & II

Literaturangaben

  • Skript zur Vorlesung
  • Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer

Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York,
1997.

  • Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS

Publishing, Boston, M.A., 1997.

Lehrende

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Klausuren

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Fachzuordnungen

Studiengang/-angebot Gültigkeit Variante Untergliederung Status Sem. LP  
Bioinformatik und Genomforschung / Bachelor (Einschreibung bis SoSe 2011) Sequenzanalyse Pflicht 3. benotet 5 LP für V+Ü  
Graduate School in Bioinformatics and Genome Research / Promotion    
Informatik / Bachelor (Einschreibung bis SoSe 2011) Nebenfach Sequenzanalyse Wahlpflicht 5. benotet 5 LP für V+Ü  
Naturwissenschaftliche Informatik / Bachelor (Einschreibung bis SoSe 2011) Sequenzanalyse Wahlpflicht 5. benotet 5 LP für V+Ü  
Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom (Einschreibung bis SoSe 2004) BioI; allgem.HS    
Konkretisierung der Anforderungen
Keine Konkretisierungen vorhanden
Lernraum
Teilnehmer*innen
Automatischer E-Mailverteiler der Veranstaltung
Änderungen/Aktualität der Veranstaltungsdaten
Sonstiges