392134 CELLmicrocosmos 4.1 Pathway Integration (Pj) (WiSe 2008/2009)

Das interdisziplinäre CELLmicrocosmos-Projekt (Cm) beschäftigt sich mit der
dreidimensionalen Modellierung und Visualisierung von Zellen.

Cm 4.1 baut auf den Ergebnissen einiger vorhergehender Projekte auf:

Ein Zelleditor, der dreidimensionale abstrakte Zellmodelle erstellt, wurde in einem ersten Ansatz mit metabolischen Pfaden verknüpft.

Hierzu sollen nun unterschiedliche Layout-Verfahren und Algorithmen untersucht und implementiert werden.

Ein breites Themenspektrum kann auch diesmal abgedeckt werden: Von der Entwicklung einer PlugIn-Schnittstelle und der Implementierung neuer Layout-Algorithmen, über die Optimierung der Navigation/Interaktion und der Visualisierung bis hin zur direkten Einbeziehung 3D-Stereoskopischen Arbeitens kann an vielen unterschiedlichen Themengebieten gearbeitet werden.

Die Visualisierung und Navigation durch dieses 3D-Modell kann anschließend mit Hilfe unseres Labor-Equipments erfolgen. Hierzu steht unser VR-Labor zur Verfügung.

Arbeitsaufwand studiengang-abhängig:
Der Arbeitsaufwand wird sich nach den jeweiligen CreditPoints richten. Für Bioinformatiker ist ein großes Projekt geplant. Für Medieninformatiker und -wissenschaftler wird der Leistungsumfang begrenzt sein, da sie eher im Bereich der Modellierung tätig werden sollten.

Ablauf:
Die genauen Inhalte werden sich nach dem Kenntnisstand der Teilnehmer richten. Der zeitliche Ablauf des Projektseminars wird in den ersten Sitzungen festgelegt werden.
Möglicher Ablauf:
1. Recherche und Analyse zu bereits vorhandenen Ansätzen
2. Präsentation der Ergebnisse (Referate)
3. Konzeption des Projektes
4. Programmieren in Gruppen
5. Abschlußpräsentation

Programmiersprache:
Als Programmiersprache kommt bisher eine Kombination aus Java und Java3D zum Einsatz.

Formate:
Die Zellkomponenten liegen im VRML97/WRL-Format vor. Projekte werden per XML verwaltet.

Vorbesprechung:
Mittwoch, 22.10.2008, 14:00 Uhr c.t., Raum C5-151

Requirements for participation, required level

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse
Die Teilnehmer werden in alle Arbeitsprozesse wie Entwurf, Konzeption, Realisierung, Kommentierung etc. involviert sein. Eigeninitiative und -organisation sind wichtige Eigenschaften, die jeder Teilnehmer mit- und einbringen sollte.
Zellbiologische Vorkenntnisse sind sehr hilfreich, aber nicht obligatorisch für die Teilnahme. Sinnvoll kann auch die Teilnahme an der Veranstaltung 'Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke' o.ä. gewesen sein. Erste programmierpraktische Erfahrungen sind für das große Projekt unabdingbar sowie natürlich die Bereitschaft, sich in die Theorie metabolischer Netzwerke etwas einzuarbeiten.

Bibliography

Weitere Infos:

External comments page

http://www.CELLmicrocosmos.org