201506 Mastermodul VI "Angewandte Bioinformatik" (V+Pr) (SoSe 2006)

In diesem Modul werden praktische Anwendungen und Problemstellungen beim Einsatz bioinformatischer Techniken in der Genomforschung behandelt. Das Modul basiert auf den praktischen Erfahrungen der in Biele-feld durchgeführten Genom- und Postgenomprojekte. Die folgenden Bereiche sollen abgedeckt werden: Daten-formate der Bioinformatik, Sequenzerstellung/Genomassemblierung, Genvorhersage (besonders Prokaryonten mit einem Seitenblick auf Eukaryonten), Genomannotation, (hier besonders verfügbare Werkzeuge und Datenbanken), Speicherung und Analyse von Expressionsdaten, DNA Microarrays und Massenspektren, komparative Genomanalyse. In Ergänzung zu den theoretischen Kenntnissen sollen die Studierenden die praktische Anwendung der bioinformatischen Methoden der Genomforschung erlernen. Neben der Kenntnis der Softwarewerkzeuge und Datensammlungen und ihres jeweiligen Einsatzbereiches und der Fähigkeit entsprechende automatisierte Pipelines zu erstellen, soll auch die Qualitätsabschätzung der gewonnenen Ergebnisse behandelt werden. Im Praktikum werden Pipelines für beispielhafte Probleme aus realen Genomprojekten durch die Studierenden erstellt und gemeinsam bewertet. Voraussetzung für die Vergabe von Leistungspunkten sind 2 Vorträge und eine Demonstration der erstellten Pipeline im Praktikum. Die für diese Veranstaltung relevanten Publikationen und Literaturreferenzen werden in der Vorbesprechung genannt.