209806 Mastermodul VI "Angewandte Bioinformatik" (V+Pr) (SoSe 2008)

In diesem Modul werden praktische Anwendungen und Problemstellungen beim Einsatz bioinformatischer Techniken in der Genomforschung behandelt. Das Modul basiert auf den praktischen Erfahrungen der in Bielefeld durchgeführten Genom- und Postgenomprojekte. Die folgenden Bereiche sollen abgedeckt werden: Datenformate der Bioinformatik, Sequenzerstellung/Genomassemblierung, Genvorhersage (besonders Prokaryonten mit einem Seitenblick auf Eukaryonten), Genomannotation, (hier besonders verfügbare Werkzeuge und Datenbanken), Speicherung und Analyse von Expressionsdaten, DNA Microarrays und Massenspektren, komparative Genomanalyse. In Ergänzung zu den theoretischen Kenntnissen sollen die Studierenden die praktische Anwendung der bioinformatischen Methoden der Genomforschung erlernen. Neben der Kenntnis der Softwarewerkzeuge und Datensammlungen und ihres jeweiligen Einsatzbereiches und der Fähigkeit entsprechende automatisierte Pipelines zu erstellen, soll auch die Qualitätsabschätzung der gewonnenen Ergebnisse behandelt werden. Im Praktikum werden Pipelines für beispielhafte Probleme aus realen Genomprojekten durch die Studierenden erstellt und gemeinsam bewertet. Grundlegende Kenntnisse in der Programmiersprache Perl werden vorausgesetzt. Neben semesterbegleitenden Vorträgen und Übungen findet der wesentliche Teil der praktischen Arbeiten vom 2.7. bis 13.7. im Block statt. Der Termin für die Vorbesprechung in der ersten Semesterwoche wird über den E-Mailverteiler rechtzeitig bekannt gegeben. Voraussetzung für die Vergabe von Leistungspunkten sind 2 Vorträge und eine Demonstration der erstellten Pipeline im Praktikum. Die für diese Veranstaltung relevanten Publikationen und Literaturreferenzen werden in der Vorbesprechung genannt.