391003 Proteomanalysen tierischer Zelllinien (BPr) (SoSe 2025)

In diesem Praktikum werden Proteom-Untersuchung am Beispiel von CHO-Zellen im differentiellen Ansatz durchgeführt.
Haupt-Ziel des Praktikums ist es, Methoden der Proben-Vorbereitung (Fraktionierung, Extraktion, Reinigung, Quantifizierung, Digest ...) kennen zu lernen, und mit diesen Proben selbständig MS-Analysen durchzuführen - also u.a. nanoLC-MS-Messungen zu starten, und anschließend Software-Auswertungen (Protein-Identifizierungen und -Quantifizierungen, PTM-Auswertungen) durchzuführen.
Weiterhin werden die Proben für Gel-basierte Methoden verwendet (2DE, PAGE, Westernblot), mit dem Ziel das extrahierte Proteom darzustellen, oder aber (im Westernblot) Histon-Modifikationen nachzuweisen.

Techniken im Einzelnen:
- Organell-Fraktionierung
- 2DE-Gele + Software-Auswertung (Delta2D), Spot-Picking
- SDS-PAGE, Banden-Präparation, u.a. Histon-Banden
- Tryptische Verdaus
- LC-MALDI-MS + NanoLC-ESI-MS/MS, Auswerte-Software zur Protein-Identifizierung und -Quantifizierung
- manuelle ESI-MS-Messungen
- PTM-Analyse von Histonen

Die wichtigsten Ergebnisse sollen in einem Protokoll in Tabellen und Abbildungen dargestellt und beschrieben, sowie kurz diskutiert werden.

Wichtige Information für Studentinnen:
Sofern eine Schwangerschaft bekannt wird, ist eine Arbeit in den Laboren nicht ohne Weiteres möglich. Hier steht moralisch und gesetzlich der Schutz des Ungeborenen im Vordergrund. Für das weitere Vorgehen bitte unverzüglich Kontakt aufnehmen mit dem Studiengangkoordinator Dominik Cholewa: mbt.techfak@uni-bielefeld.de. Zusammen mit dem Studiengangskoordinator werden dann diskret alle nötigen Vorkehrungen getroffen und alle Möglichkeiten für das Studium mit Kind belichtet.
Diese Information erfolgt auch jährlich bei den Sicherheitsunterweisungen der Labore im Fachbereich.

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Teilnehmende sollten an der Veranstaltung "391008: Prozessmesstechnik und Analytik/Proteomics" oder "391009: MS-Analytik, Proteomik und zelluläre Signalverschaltung" teilgenommen haben.
Im Einzelfall kann, bei Erfüllung ähnlicher Voraussetzungen, auch davon unabhängig eine Teilnahme, nach Rücksprache, ermöglicht werden.