392177 Bioinformatische Strategien zur Identifikation von Pathogenitätsdeterminanten in Metagenom-Sequenzdaten (Pj) (WiSe 2014/2015)

Viele Lebensräume in der Umwelt können pathogene Mikroorganismen beherbergen und spielen damit als Reservoir für diese eine Rolle. Mit Methoden der Metagenomforschung und entsprechender Bioinformatik kann man kritische Habitate auf das Vorkommen von pathogenen Organismen untersuchen. Der Arbeitsgruppe liegen tief sequenzierte Metagenom-Datensätze für verschiedene landwirtschaftliche Biogas-Anlagen vor. In Bezug auf die Biogas-Produktion wird immer wieder die Kritik vorgebracht, dass Biogas-Reaktoren als Brutstätten für pathogene Organismen dienen könnten, da Gülle und Fäkalien von Tieren als Substrate für die Biogas-Erzeugung eingesetzt werden. Das pathogene Bakterium Clostridium botulinum und die durch diesen Keim verursachte Krankheit Botulismus werden häufig mit Biogas-erzeugenden mikrobiellen Gemeinschaften in Zusammenhang gebracht. In diesem Projekt sollen bioinformatische Strategien und Methoden entwickelt und getestet werden, mit denen die vorliegenden Metagenom-Datensätze für verschiedene Biogas-Anlagen auf das Vorkommen von potentiell pathogenen Organismen hin untersucht werden können. Dabei soll auch der Aspekt der Verbreitung von Antibiotika-Resistenzgenen betrachtet werden, da diese ebenfalls den Virulenz-Determinanten zugerechnet werden und die Anwendung von Antibiotika in der Tiermast kontrovers diskutiert wird.