392132 CELLmicrocosmos 3.1 (Pj) (WiSe 2007/2008)

Das CELLmicrocsomos-Projekt beschäftigt sich mit der drei-dimensionalen Modellierung und Visualisierung von Zellen.

Wie der Titel mit dem Zusatz 3.1 schon vermuten lässt, baut dieses Projekt auf CELLmicrocosmos 3.0 auf. Ziel war es, einen Zelleditor für unterschiedliche Zelltypen (z.B. Hepatozyten, Pflanzenzellen) zu planen und zu programmieren. Diese erste rudimentäre Version ist in der Lage, eine Kombination aus drei-dimensionalen Zellkomponent-Modellen (z.B. Zellkern, Zellmembran) und PDB-Zellmembran-Strukturmodellen zu erstellen. Für die wichtigsten Komponenten stehen bereits Modelle zur Verfügung, weitere sind geplant.

Das resultierende Modell wird nicht eine 100% realistische Zelle sein (können), aber ein optisch und schematisch auch für biologische Zwecke sinnvoll einsetzbares Zellmodell. Die Visualisierung und Navigation durch dieses 3D-Modell soll anschließend mit Hilfe unseres Labor-Equipments erfolgen.

Zu den möglichen Aufgabengebieten gehören u.a.:

• Verbesserung des Zellkomponenten-VerteilungsAlgortihmus
• 3D-Stereoview implementieren
• Überarbeitung der GUI
• Modellierung und Gestaltung neuer Zellkomponenten mit 3D Studio Max
• Integration eines VRML-Exports

Programmiersprache:
Als Programmiersprache kommt eine Kombination aus Java und Java3D zum Einsatz.

Formate:
Die Zellkomponenten liegen im VRML97/WRL-Format vor, während die Zellmembran-Strukturmodelle als PDB-Files zum Einsatz kommen und die Kombination in XML gespeichert wird.

Ablauf:
Der Ablauf wird sich nach dem Kenntnisstand der Teilnehmer richten. Evtl. werden kurze Referate verteilt, in denen Themen wie Java3D und Zellbiologie behandelt werden können. Die programmierpraktische Arbeit sollte anschließend in Gruppen erfolgen. Der zeitliche Ablauf des Projektseminars wird in den ersten Sitzungen festgelegt werden.

Vorbesprechung:
Mittwoch, 24.10.2007, 14:00 Uhr c.t., Raum C5-151

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Die Teilnehmer werden in alle Arbeitsprozesse wie Entwurf, Konzeption, Realisierung, Kommentierung etc. involviert sein. Eigeninitiative und -organisation sind wichtige Eigenschaften, die jeder Teilnehmer mit- und einbringen sollte. Zellbiologische Vorkenntnisse sind sehr hilfreich, aber nicht obligatorisch für die Teilnahme. Erste programmierpraktische Erfahrungen sind unabdingbar sowie natürlich die Bereitschaft, sich in die zellbiologische Thematik einzuarbeiten.

Literaturangaben

Weitere Infos:

Externe Kommentarseite

http://www.CELLmicrocosmos.org