392010 Spezielle Algorithmen der Sequenzanalyse (V) (SoSe 2007)
Contents, comment
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Wir werden einerseits Themen, die aus der Grundvorlesung bekannt sind,
vertiefen, z.B. effiziente Implementierungen von Suffixbäumen und
Suffixarrays, Alignment mit linearem Platzbedarf (Hirshberg-Technik),
wie hängt das optimale Alignment von der benutzten Scorefunktion ab
(parametrisches Alignment), längennormalisiertes AlignmentWeiterhin betrachten wir neue Probleme und Modelle,
z.B. RNA-Sekundärstrukturvorhersage (Nussinov-Algorithmus),
Transkriptionsfaktorbindestellenvorhersage mit Hilfe von position
weight matrices (PWMs), sowie die Modellierung von genomischen
Signalen (wie CpG islands oder Genstrukturen) mit Hidden Markov
Modellen (HMMs).Wir werden uns auch vermehrt anwendungsorientierten Algorithmen
zuwenden: Vergleich ganzer Genome, Finden von repeats, etc.
Requirements for participation, required level
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Diese Vorlesung und die freiwilligen Übungen bilden die Fortsetzung der
"Grundlagen der Sequenzanalyse" des vergangenen Wintersemesters.
Teaching staff
Dates ( Calendar view )
| Frequency | Weekday | Time | Format / Place | Period |
|---|
Examinations
| Date | Time | Format / Room | Comment about examination |
|---|
Show passed examination dates >>
Subject assignments
| Degree programme/academic programme | Validity | Variant | Subdivision | Status | Semester | LP | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Bioinformatik und Genomforschung / Bachelor | (Enrollment until SoSe 2011) | Sequenzanalyse | Pflicht | 4. | 3 | benotet | |
| Informatik / Bachelor | (Enrollment until SoSe 2011) | Nebenfach | Sequenzanalyse | Wahlpflicht | 6. | 3 | benotet |
| Naturwissenschaftliche Informatik / Bachelor | (Enrollment until SoSe 2011) | Sequenzanalyse | Wahlpflicht | 6. | 3 | benotet | |
| Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom | (Enrollment until SoSe 2004) | BioI | HS | ||||
| Naturwissenschaftliche Informatik / Master | (Enrollment until SoSe 2012) | Grundlagen Ergänzung I | Wahlpflicht | 2. | 3 | benotet |
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- Notes:
- Additional notes on the electronic mailing lists
- Last update basic details/teaching staff:
- Friday, December 11, 2015
- Last update times:
- Tuesday, August 14, 2007
- Last update rooms:
- Tuesday, August 14, 2007
- Type(s) / SWS (hours per week per semester)
- lecture (V) / 2
- Department
- Faculty of Technology
- Questions or corrections?
- Questions or correction requests for this course?
- Planning support
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