202112 Spezialmodul "Plasmide und konjugativer Gentransfer" (Ü+Pr) (SoSe 2013)

Ziel des Praktikums ist es, eine experimentelle Strategie zur Charakterisierung von Plasmiden zu erarbeiten. Der Schwerpunkt soll auf der Identifizierung transferierbarer Plasmide liegen. Aus Umwelthabitaten sollen Plasmide durch exogene und/oder endoge Isolierung gewonnen werden. Zur Charakterisierung der Plasmide können eine Reihe von Parametern herangezogen werden, z.B. Größe, Restriktionskarten, Inkompatibilitätsgruppen, Wirtsbereich, Genfracht wie z.B. Antibiotikaresistenzen, Fähigkeit zur Konjugation oder Mobilisierung.
Der Praktikumsablauf ist nicht strikt vorgegeben, sondern richtet sich nach den jeweiligen Ergebnissen. So können z.B. die Experimente auf eine ausführliche Charakterisierung eines Plasmides fokussiert werden und möglicherweise in Richtung der Entwicklung von Vektoren führen, alternativ könnten auch mehrere Plasmide unter bestimmten Aspekten verglichen werden, um die Gegebenheiten eines Habitates näher zu analysieren. In diesem Fall wird nach Bedarf auch eine partielle Charakterisierung der Wirtsstämme angestrebt.
Als Methoden werden vermittelt: verschiedene Plasmidisolierungsmethoden; Restriktionsanalyse; Konjugation und Mobilisierung; PCR; Transposonmutagenese (in vivo, in vitro); Southernhybridisierung; SDS PAGE; Fingerprintmethoden zur Charakterisierung der bakteriellen Isolate (z.B. RAPD, Amplifikation von 16S rDNA, ARDRA)

Bibliography

Knippers: Molekulare Genetik.