392267 CELLmicrocosmos Cell Modelling (Pj) (WiSe 2012/2013)

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Vorbesprechung: Mittwoch, 13.04.2011, 14:00 Uhr c.t.

Contents, comment

Projekt zum neuen Modul: Interdisziplinäre ZellVisualisierung für Naturwissenschaftliche Informatik, Bioinformatik und Genomforschung, Molekulare Biotechnologie, Medienwissenschaften, Medieninformatik und Gestaltung

Zur Modulbeschreibung ...

(Kann auch unabhängig vom Modul belegt werden.)

Abstract

Das CELLmicrocosmos Projekt beschäftigt sich mit der drei-dimensionalen Modellierung und 3D-stereoskopischen Visualisieren von Zellen. Zwei Hauptanwendungen sind aus diesem Projekt bisher hervorgegangen:

Der CELLmicrocosmos CellExplorer (CmCX) bietet eine virtuelle interaktive Zellumgebung, die sowohl für wissenschaftliche als auch edukative Zwecke eingesetzt wird. Dabei wird sowohl auf mikroskopische als auch abstrakt modellierte Zellkomponenten zurückgegriffen, die bedarfsweise mit biologischen Netzwerken verknüpft werden können. Touren durch die Zelle können erstellt sowie HTML-Informationsseiten hinzugefügt werden.

Der CELLmicrocosmos MembraneEditor (CmME) ermöglicht die Generierung von biologischen Membranen basierend auf PDB-Struktur-Dateien. Neben der Entwicklung neuer Algorithmen für den CmME ist es auch möglich, sich an unseren Ausflügen ins Reich der Molekular Dynamischen Simulationen zu beteiligen. Hier werden die in CmME generierten Membranen als Grundlage für die Berechnung einer möglichst realistischen atomaren Struktur mit Hilfe externer Programme genutzt.

Thematik: 3D-Stereoskopische Animation

Neben den oben aufgeführten Themen wird diesmal die 3D-stereoskopische Visualisierung und Animation im Vordergrund stehen. Hierzu werden teilweise auf Techniken zurückgegriffen werden, die in unserem Stereoskopie-Seminar vom letzten Semester erarbeitet und vorgestellt wurden. Dabei kann auf bereits vorhandene 3D-Modelle zurückgegriffen werden, sowie auch neue Modelle erstellt werden können. Software wir 3ds Max und Blender können benutzt werden. Kurze Einführungen in diese Programme sowie Vorstellung verwandter Arbeiten wird es zu Beginn des Semesters geben.

Ablauf

Die genauen Inhalte werden sich nach dem Kenntnisstand der Teilnehmer richten. Der zeitliche Ablauf des Projektseminars wird in den ersten Sitzungen festgelegt werden.
Möglicher Ablauf:

  • Recherche und Analyse zu bereits vorhandenen Ansätzen
  • Präsentation der Ergebnisse (Referate)
  • Konzeption des Projektes
  • Programmieren in Gruppen
  • Abschlusspräsentation

Programmierung/Modellierung

Als Programmiersprache kommt eine Kombination aus Java und Java3D zum Einsatz. Für die Modellierung mit amira wird keine Programmierung benötigt. Für die 3D-Stereoskopische Visualisierung stehen mehrere Workstations mit entsprechenden Monitoren zur Verfügung.

Formate

Die Zellkomponenten liegen im VRML97/WRL-Format vor. Zell-Editor-Dateien werden per XML verwaltet. Die Membranen liegen sowohl im PDB-Format als auch in einem projekt-eigenen XML-Format vor.

Vorbesprechung
10.10.2012, 14 Uhr c.t., C5-151

Requirements for participation, required level

Die Teilnehmer werden in alle Arbeitsprozesse wie Entwurf, Konzeption, Realisierung, Kommentierung etc. involviert sein. Eigeninitiative und -organisation sind wichtige Eigenschaften, die jeder Teilnehmer mit- und einbringen sollte.

Zellbiologische oder stoffwechsel-bezogene Vorkenntnisse sind sehr hilfreich, aber nicht obligatorisch für die Teilnahme. Erste programmierpraktische Erfahrungen sind diesmal nicht unabdingbar. Voraussetzung ist natürlich die Bereitschaft, sich in das jeweilige Themengebiet einzuarbeiten.

External comments page

http://www.CELLmicrocosmos.org

Teaching staff

Dates ( Calendar view )

Frequency Weekday Time Format / Place Period  

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Subject assignments

Module Course Requirements  
39-Inf-IZV Interdisziplinäre ZellVisualisierung CELLmicrocosmos Cell Modelling Study requirement
Student information

The binding module descriptions contain further information, including specifications on the "types of assignments" students need to complete. In cases where a module description mentions more than one kind of assignment, the respective member of the teaching staff will decide which task(s) they assign the students.

Degree programme/academic programme Validity Variant Subdivision Status Semester LP  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Enrollment until SoSe 2012) Individueller Ergänzungsb Wahl 5  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Enrollment until SoSe 2012) Projekt Bioinformatik Wahlpflicht 1. 3. 10  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Enrollment until SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netzw; Informationssysteme Wahlpflicht 1. 3. 3  
Medieninformatik und Gestaltung / Bachelor (Enrollment until SoSe 2011) Wahlpflicht 5  
Medieninformatik und Gestaltung / Bachelor (Enrollment until SoSe 2011) Individueller Ergänzungs Wahl 5  
Medienwissenschaft, interdisziplinäre / Master (Enrollment until SoSe 2014) Wahl 1. 3. 5  
Medienwissenschaft, interdisziplinäre / Master (Enrollment until SoSe 2014) Hauptmodul 4 Wahlpflicht 5  
Molekulare Biotechnologie / Master (Enrollment until SoSe 2012) Individuelle Ergänzung Wahl 5/10  
Molekulare Biotechnologie / Master (Enrollment until SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netz; Informationssysteme Wahlpflicht 5.  
Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom (Enrollment until SoSe 2004) allgem.HS Pflicht GS und HS
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Enrollment until SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netzw; Informationssysteme in der mol Wahlpflicht 1. 3. 3  
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Enrollment until SoSe 2012) Projekt II Wahlpflicht 1. 3. 10  
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Enrollment until SoSe 2012) Individuelle Ergänzung Wahl 5  
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Enrollment until SoSe 2012) Vertiefung Informatik I; Individuelle Ergänzung Wahlpflicht 1. 3. 5  
No more requirements
No eLearning offering available
Registered number: 3
This is the number of students having stored the course in their timetable. In brackets, you see the number of users registered via guest accounts.
Address:
WS2012_392267@ekvv.uni-bielefeld.de
This address can be used by teaching staff, their secretary's offices as well as the individuals in charge of course data maintenance to send emails to the course participants. IMPORTANT: All sent emails must be activated. Wait for the activation email and follow the instructions given there.
If the reference number is used for several courses in the course of the semester, use the following alternative address to reach the participants of exactly this: VST_32872519@ekvv.uni-bielefeld.de
Coverage:
1 Students to be reached directly via email
Notes:
Additional notes on the electronic mailing lists
Last update basic details/teaching staff:
Friday, December 11, 2015 
Last update times:
Friday, September 7, 2012 
Last update rooms:
Monday, May 21, 2012 
Type(s) / SWS (hours per week per semester)
project (Pj) / 2
Department
Faculty of Technology
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32872519