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392170 CELLmicrocosmos Cell Modelling (Pj) (SoSe 2012)

Kurzkommentar
Vorbesprechung: Mittwoch, 13.04.2011, 14:00 Uhr c.t.
Einrichtung
Technische Fakultät
Art(en) / SWS
Pj / 2
Zeitraum
02.04.2012-13.07.2012
Voraussichtl. Wiederholung

Lehrende

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Klausuren

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Fachzuordnungen

Studiengang/-angebot Gültigkeit Variante Untergliederung Status Sem. LP  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netzw; Informationssysteme Wahlpflicht 2. 4. 3  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Projekt Bioinformatik Wahlpflicht 2. 4. 10  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Individueller Ergänzungsb Wahl 5  
Medieninformatik und Gestaltung / Bachelor (Einschreibung bis SoSe 2011) Wahlpflicht 5  
Medieninformatik und Gestaltung / Bachelor (Einschreibung bis SoSe 2011) Individueller Ergänzungs Wahl 5  
Medienwissenschaft, interdisziplinäre / Master (Einschreibung bis SoSe 2014) Hauptmodul 4 Wahlpflicht 5  
Medienwissenschaft, interdisziplinäre / Master (Einschreibung bis SoSe 2014) Wahl 2. 4. 5  
Molekulare Biotechnologie / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Individuelle Ergänzung Wahl 5  
Molekulare Biotechnologie / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netz; Informationssysteme Wahlpflicht 5.  
Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom (Einschreibung bis SoSe 2004) allgem.HS Pflicht GS und HS
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netzw; Informationssysteme in der mol Wahlpflicht 2. 4. 3  
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Individuelle Ergänzung Wahl 5  
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Vertiefung Informatik I; Individuelle Ergänzung Wahlpflicht 2. 4. 5  
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Projekt II Wahlpflicht 2. 4. 10  

Allgemeine Anforderungen bei Lehrveranstaltungen:

Die Anforderungen an die aktive Teilnahme (nur gültig für Studienmodell 2002) sind hier erläutert. In den FsB und Modulhandbüchern finden sich Informationen, ob Studienleistungen (nur gültig für Studienmodell 2011)/Einzelleistungen/Modul(teil)prüfungen vorgesehen sind, und welche Anforderungen hierfür bestehen.

Inhalt, Kommentar

Projekt zum neuen Modul: Interdisziplinäre ZellVisualisierung für Naturwissenschaftliche Informatik, Bioinformatik und Genomforschung, Molekulare Biotechnologie, Medienwissenschaften, Medieninformatik und Gestaltung

Zur Modulbeschreibung ...

(Kann auch unabhängig vom Modul belegt werden.)

Abstract

Das CELLmicrocosmos Projekt beschäftigt sich mit der drei-dimensionalen Modellierung und 3D-stereoskopischen Visualisieren von Zellen. Zwei Hauptanwendungen sind aus diesem Projekt bisher hervorgegangen:

Der CELLmicrocosmos CellExplorer (CmCX) bietet eine virtuelle interaktive Zellumgebung, die sowohl für wissenschaftliche als auch edukative Zwecke eingesetzt wird. Dabei wird sowohl auf mikroskopische als auch abstrakt modellierte Zellkomponenten zurückgegriffen, die bedarfsweise mit biologischen Netzwerken verknüpft werden können. Touren durch die Zelle können erstellt sowie HTML-Informationsseiten hinzugefügt werden.

Der CELLmicrocosmos MembraneEditor (CmME) ermöglicht die Generierung von biologischen Membranen basierend auf PDB-Struktur-Dateien. Neben der Entwicklung neuer Algorithmen für den CmME ist es auch möglich, sich an unseren Ausflügen ins Reich der Molekular Dynamischen Simulationen zu beteiligen. Hier werden die in CmME generierten Membranen als Grundlage für die Berechnung einer möglichst realistischen atomaren Struktur mit Hilfe externer Programme genutzt.

Thematik: 3D-Stereoskopische Animation

Neben den oben aufgeführten Themen wird diesmal die 3D-stereoskopische Visualisierung und Animation im Vordergrund stehen. Hierzu werden teilweise auf Techniken zurückgegriffen werden, die in unserem Stereoskopie-Seminar vom letzten Semester erarbeitet und vorgestellt wurden. Dabei kann auf bereits vorhandene 3D-Modelle zurückgegriffen werden, sowie auch neue Modelle erstellt werden können. Software wir 3ds Max und Blender können benutzt werden. Kurze Einführungen in diese Programme sowie Vorstellung verwandter Arbeiten wird es zu Beginn des Semesters geben.

Ablauf

Die genauen Inhalte werden sich nach dem Kenntnisstand der Teilnehmer richten. Der zeitliche Ablauf des Projektseminars wird in den ersten Sitzungen festgelegt werden.
Möglicher Ablauf:

  • Recherche und Analyse zu bereits vorhandenen Ansätzen
  • Präsentation der Ergebnisse (Referate)
  • Konzeption des Projektes
  • Programmieren in Gruppen
  • Abschlusspräsentation

Programmierung/Modellierung

Als Programmiersprache kommt eine Kombination aus Java und Java3D zum Einsatz. Für die Modellierung mit amira wird keine Programmierung benötigt. Für die 3D-Stereoskopische Visualisierung stehen mehrere Workstations mit entsprechenden Monitoren zur Verfügung.

Formate

Die Zellkomponenten liegen im VRML97/WRL-Format vor. Zell-Editor-Dateien werden per XML verwaltet. Die Membranen liegen sowohl im PDB-Format als auch in einem projekt-eigenen XML-Format vor.

Vorbesprechung

Mittwoch, 04.04.2012, 14:00 Uhr c.t., Raum C5-151

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Die Teilnehmer werden in alle Arbeitsprozesse wie Entwurf, Konzeption, Realisierung, Kommentierung etc. involviert sein. Eigeninitiative und -organisation sind wichtige Eigenschaften, die jeder Teilnehmer mit- und einbringen sollte.

Zellbiologische oder stoffwechsel-bezogene Vorkenntnisse sind sehr hilfreich, aber nicht obligatorisch für die Teilnahme. Erste programmierpraktische Erfahrungen sind diesmal nicht unabdingbar. Voraussetzung ist natürlich die Bereitschaft, sich in das jeweilige Themengebiet einzuarbeiten.

Externe Kommentarseite

TeilnehmerInnen
registrierte Anzahl : 6
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Teilnehmerbegrenzung :
Begrenzte Anzahl TeilnehmerInnen:
Abruf der Liste der Teilnehmer/innen :
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Falls Sie noch keinen BIS Zugang besitzen oder generelle Hinweise zum Abrufen und zum Umgang mit den Teilnehmerlisten suchen nutzen Sie unsere Hilfeseite
Dort finden Sie auch Informationen dazu, wie Sie aus einer Teilnehmerliste die Ergebnisliste für die Prüfungsdokumentation erstellen und wie Sie diese an die Prüfungsämter übermitteln können.
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Adresse :
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Lehrende, ihre Sekretariate sowie für die Pflege der Veranstaltungsdaten zuständige Personen können über diese Adresse E-Mails an die VeranstaltungsteilnehmerInnen verschicken. WICHTIG: Sie müssen verschickte E-Mails jeweils freischalten. Warten Sie die Freischaltungs-E-Mail ab und folgen Sie den darin enthaltenen Hinweisen.
Falls die Belegnummer mehrfach im Semester verwendet wird können Sie die folgende alternative Verteileradresse nutzen, um die TeilnehmerInnen genau dieser Veranstaltung zu erreichen: VST_29494624@ekvv.uni-bielefeld.de
Reichweite :
2 Studierende direkt per E-Mail erreichbar
Hinweise :
Weitere Hinweise zu den E-Mailverteilern
Änderungen/Aktualität der Veranstaltungsdaten
Letzte Änderung Grunddaten/Lehrende :
Freitag, 11. Dezember 2015 
Letzte Änderung Zeiten :
Donnerstag, 26. September 2013 
Letzte Änderung Räume :
Montag, 21. Mai 2012 
Sonstiges
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