392170 CELLmicrocosmos Cell Modelling (Pj) (WiSe 2011/2012)
Contents, comment
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Abstract
Die Teilnehmer können sich entscheiden, an welchem der beiden Hauptprojekte sie gerne teilnehmen möchten:
Der CELLmicrocosmos CellExplorer (CmCX) verknüpft eine abstrake drei-dimensionale Zelle mit verschiedenen Arten von biologischen Netzwerken. Hier wird vor allen Dingen der Fokus auf der Generierung neuer Zellkompartimente liegen. Neben deren Modellierung basierend auf 3D-Mikroskopischen Daten wird auch der Workflow verbessert werden müssen, mit dem neue Modelle in den CellExplorer importiert werden können. Ein erster Ansatz vom letzten Semester wird hier als Grundlage dienen. Desweiteren bedarf der 3D-Platzierungsalgorithmus dringend einer Optimierung.
Der CELLmicrocosmos MembraneEditor (CmME) ermöglicht die Generierung von biologischen Membranen basierend auf PDB-Struktur-Dateien. Neben der Entwicklung neuer Algorithmen für den CmME ist es auch möglich, sich an unseren Ausflügen ins Reich der Molekular Dynamischen Simulationen zu beteiligen. Hier werden die in CmME generierten Membranen als Grundlage für die Berechnung einer möglichst realistischen atomaren Struktur mit Hilfe externer Programme genutzt.
Ablauf
Die genauen Inhalte werden sich nach dem Kenntnisstand der Teilnehmer richten. Der zeitliche Ablauf des Projektseminars wird in den ersten Sitzungen festgelegt werden.
Möglicher Ablauf:- Recherche und Analyse zu bereits vorhandenen Ansätzen
- Präsentation der Ergebnisse (Referate)
- Konzeption des Projektes
- Programmieren in Gruppen
- Abschlußpräsentation
Programmiersprache
Als Programmiersprache kommt eine Kombination aus Java und Java3D zum Einsatz. Für die Modellierung mit amira wird keine Programmierung benötigt.
Formate
Die Zellkomponenten liegen im VRML97/WRL-Format vor. Zell-Editor-Dateien werden per XML verwaltet. Die Membranen liegen sowohl im PDB-Format als auch in einem projekt-eigenen XML-Format vor.
Vorbesprechung
Mittwoch, 19.10.2011, 14:00 Uhr c.t., Raum C5-151
Requirements for participation, required level
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Die Teilnehmer werden in alle Arbeitsprozesse wie Entwurf, Konzeption, Realisierung, Kommentierung etc. involviert sein. Eigeninitiative und -organisation sind wichtige Eigenschaften, die jeder Teilnehmer mit- und einbringen sollte.
Zellbiologische oder stoffwechsel-bezogene Vorkenntnisse sind sehr hilfreich, aber nicht obligatorisch für die Teilnahme. Erste programmierpraktische Erfahrungen sind diesmal nicht unabdingbar. Vorraussetzung ist natürlich die Bereitschaft, sich in das jeweilige Themengebiet einzuarbeiten.
Bibliography
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weitere Infos:
External comments page
Teaching staff
Dates ( Calendar view )
| Frequency | Weekday | Time | Format / Place | Period | |
|---|---|---|---|---|---|
| by appointment | n.V. | C5-151 | 10.10.2011-03.02.2012 |
Subject assignments
| Degree programme/academic programme | Validity | Variant | Subdivision | Status | Semester | LP | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Bioinformatik und Genomforschung / Master | (Enrollment until SoSe 2012) | Analyse Metabolischer Netzw; Informationssysteme | Wahlpflicht | 3. | 3 | unbenotet | |
| Bioinformatik und Genomforschung / Master | (Enrollment until SoSe 2012) | Projekt Bioinformatik | Wahlpflicht | 3. | 10 | unbenotet | |
| Medieninformatik und Gestaltung / Bachelor | (Enrollment until SoSe 2011) | Individueller Ergänzungs | Wahl | 5. 7. | 5 | unbenotet | |
| Medienwissenschaft, interdisziplinäre / Master | (Enrollment until SoSe 2014) | Wahl | 5 | unbenotet individuelle Ergänzung | |||
| Medienwissenschaft, interdisziplinäre / Master | (Enrollment until SoSe 2014) | Hauptmodul 4 | Wahlpflicht | 5 | unbenotet | ||
| Molekulare Biotechnologie / Master | (Enrollment until SoSe 2012) | Analyse Metabolischer Netz; Informationssysteme | Wahlpflicht | 1. | 3 | unbenotet | |
| Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom | (Enrollment until SoSe 2004) | allgem.HS; BioI | HS | ||||
| Naturwissenschaftliche Informatik / Master | (Enrollment until SoSe 2012) | Analyse Metabolischer Netzw; Informationssysteme in der mol | Wahlpflicht | 1. | 3 | unbenotet | |
| Naturwissenschaftliche Informatik / Master | (Enrollment until SoSe 2012) | Projekt II | Wahlpflicht | 3. | 10 | unbenotet |
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- Notes:
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- Friday, December 11, 2015
- Last update times:
- Friday, September 9, 2011
- Last update rooms:
- Tuesday, May 17, 2011
- Type(s) / SWS (hours per week per semester)
- project (Pj) / 4
- Department
- Faculty of Technology
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- Questions or correction requests for this course?
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