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392170 CELLmicrocosmos Cell Modelling (Pj) (WiSe 2010/2011)

Kurzkommentar

Vorbesprechung: Mittwoch, 20. Oktober, 14 Uhr c.t.

Inhalt, Kommentar

Abstract

Die Teilnehmer können sich entscheiden, an welchem der beiden Hauptprojekte sie gerne teilnehmen möchten:

Der CELLmicrocosmos CellExplorer (CmCX) verknüpft eine abstrake drei-dimensionale Zelle mit verschiedenen Arten von biologischen Netzwerken. Hier wird vor allen Dingen der Fokus auf der Generierung neuer Zellkompartimente liegen. Neben deren Modellierung basierend auf 3D-Mikroskopischen Daten wird auch der Workflow verbessert werden müssen, mit dem neue Modelle in den CellExplorer importiert werden können. Ein erster Ansatz vom letzten Semester wird hier als Grundlage dienen. Desweiteren bedarf der 3D-Platzierungsalgorithmus dringend einer Optimierung.

Der CELLmicrocosmos MembraneEditor (CmME) ermöglicht die Generierung von biologischen Membranen basierend auf PDB-Struktur-Dateien. Neben der Entwicklung neuer Algorithmen für den CmME ist es auch möglich, sich an unseren Ausflügen ins Reich der Molekular Dynamischen Simulationen zu beteiligen. Hier werden die in CmME generierten Membranen als Grundlage für die Berechnung einer möglichst realistischen atomaren Struktur mit Hilfe externer Programme genutzt.

Ablauf

Die genauen Inhalte werden sich nach dem Kenntnisstand der Teilnehmer richten. Der zeitliche Ablauf des Projektseminars wird in den ersten Sitzungen festgelegt werden.
Möglicher Ablauf:

  • Recherche und Analyse zu bereits vorhandenen Ansätzen
  • Präsentation der Ergebnisse (Referate)
  • Konzeption des Projektes
  • Programmieren in Gruppen
  • Abschlußpräsentation

Programmiersprache

Als Programmiersprache kommt eine Kombination aus Java und Java3D zum Einsatz. Für die Modellierung mit amira wird keine Programmierung benötigt.

Formate

Die Zellkomponenten liegen im VRML97/WRL-Format vor. Zell-Editor-Dateien werden per XML verwaltet. Die Membranen liegen sowohl im PDB-Format als auch in einem projekt-eigenen XML-Format vor.

Vorbesprechung

Mittwoch, 20.10.2010, 14:00 Uhr c.t., Raum C5-151

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Die Teilnehmer werden in alle Arbeitsprozesse wie Entwurf, Konzeption, Realisierung, Kommentierung etc. involviert sein. Eigeninitiative und -organisation sind wichtige Eigenschaften, die jeder Teilnehmer mit- und einbringen sollte.

Zellbiologische oder stoffwechsel-bezogene Vorkenntnisse sind sehr hilfreich, aber nicht obligatorisch für die Teilnahme. Erste programmierpraktische Erfahrungen sind diesmal nicht unabdingbar. Vorraussetzung ist natürlich die Bereitschaft, sich in das jeweilige Themengebiet einzuarbeiten.

Literaturangaben

weitere Infos:

Externe Kommentarseite

http://www.CELLmicrocosmos.org

Lehrende

Termine (Kalendersicht )

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Klausuren

  • Keine gefunden

Fachzuordnungen

Studiengang/-angebot Gültigkeit Variante Untergliederung Status Sem. LP  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Projekt Bioinformatik Wahlpflicht 3. 10 unbenotet  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netzw; Informationssysteme Wahlpflicht 3. 3 unbenotet  
Medieninformatik und Gestaltung / Bachelor (Einschreibung bis SoSe 2011) Individueller Ergänzungs Wahl 5. 7. 5 unbenotet  
Medienwissenschaft, interdisziplinäre / Master (Einschreibung bis SoSe 2014) Hauptmodul 4 Wahlpflicht 5 unbenotet  
Medienwissenschaft, interdisziplinäre / Master (Einschreibung bis SoSe 2014) Wahl 5 unbenotet individuelle Ergänzung  
Molekulare Biotechnologie / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netz; Informationssysteme Wahlpflicht 1. 3 unbenotet  
Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom (Einschreibung bis SoSe 2004) allgem.HS; BioI   HS
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netzw; Informationssysteme in der mol Wahlpflicht 1. 3 unbenotet  
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Projekt II Wahlpflicht 3. 10 unbenotet  
Konkretisierung der Anforderungen
Keine Konkretisierungen vorhanden
Lernraum
TeilnehmerInnen
Automatischer E-Mailverteiler der Veranstaltung
Änderungen/Aktualität der Veranstaltungsdaten
Sonstiges