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392170 CELLmicrocosmos 3.2 Cell Modelling (Pj) (SoSe 2010)

Kurzkommentar
Vorbesprechung: Mittwoch, 21.04.2010, 14 Uhr c.t.
Einrichtung
Technische Fakultät
Art(en) / SWS
Pj / 2
Zeitraum
12.04.2010-23.07.2010
Voraussichtl. Wiederholung

Lehrende

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Klausuren

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Fachzuordnungen

Studiengang/-angebot Gültigkeit Variante Untergliederung Status Sem. LP  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Projekt Bioinformatik Wahlpflicht 2. 4. 10 unbenotet  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netzw; Informationssysteme Wahlpflicht 2. 3 unbenotet  
Medieninformatik und Gestaltung / Bachelor (Einschreibung bis SoSe 2011) Individueller Ergänzungs Wahl 4. 6. 3 unbenotet  
Medienwissenschaft, interdisziplinäre / Master (Einschreibung bis SoSe 2014) Hauptmodul 4 Wahlpflicht 5 unbenotet  
Molekulare Biotechnologie / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netz; Informationssysteme Wahlpflicht 2. 3 unbenotet  
Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom (Einschreibung bis SoSe 2004) allgem.HS; BioI   HS
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Projekt I; Projekt II Wahlpflicht 2. 5/10 unbenotet  
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netzw; Informationssysteme in der mol Wahlpflicht 2. 3 unbenotet  

Allgemeine Anforderungen bei Lehrveranstaltungen:

Die Anforderungen an die aktive Teilnahme (nur gültig für Studienmodell 2002) sind hier erläutert. In den FsB und Modulhandbüchern finden sich Informationen, ob Studienleistungen (nur gültig für Studienmodell 2011)/Einzelleistungen/Modul(teil)prüfungen vorgesehen sind, und welche Anforderungen hierfür bestehen.

Inhalt, Kommentar

Abstract

Der CELLmicrocosmos CellEditor (Cm3) ist ein Programm, mit welchem auf einfache Weise eine abstrakte Zelle generiert werden kann, welche z.B. zur drei-dimensionalen Lokalisierung metabolischer Netzwerke genutzt werden kann. Dabei können mehrere Zellkomponenten-Modelle verwendet werden, die im VRML97-Format vorliegen (textbasiertes 3D Format) und über die Jahre erstellt wurden.

Und hier setzt unser neues Projekt an: Die abstrakten Zellmodelle sollen durch komplette und/oder fragmentarische Modelle ersetzt werden, welche von 3D mikroskopischen Datensätzen abgeleitet wurden. Dazu wird das in diesem Bereich weitgehend etablierte Softwarepaket amira verwendet werden, mit welcher Mikroskopie-Bilderstapel in 3D Modelle umgewandelt werden können. Die Arbeit mit amira erinnert an die mit Gimp oder Adobe Photoshop, sie ist also relativ einfach zu erlernen und wird in einem kleinen Workshop vermittelt werden.

Aber auch für programmiertechnisch Interessierte gibt es genug zu tun: Die bereits sehr durchdachte Navigation kann verbessert werden, die semi-automatische 3D-Platzierung der Zellkomponenten-Modelle kann um neue Algorithmen erweitert werden und die anschließende interaktive Re-Platzierung ist nur rudimentär implementiert.

Andere nach Absprache mögliche Themenfelder:

  • Membranvisualisierung/-simulation
  • Netzwerkvisualisierung in 3D
  • Ausbau der Datenbankanbindung (MySQL)

Ablauf

Die genauen Inhalte werden sich nach dem Kenntnisstand der Teilnehmer richten. Der zeitliche Ablauf des Projektseminars wird in den ersten Sitzungen festgelegt werden.
Möglicher Ablauf:

  • Recherche und Analyse zu bereits vorhandenen Ansätzen
  • Präsentation der Ergebnisse (Referate)
  • Konzeption des Projektes
  • Programmieren in Gruppen
  • Abschlußpräsentation

Programmiersprache

Als Programmiersprache kommt eine Kombination aus Java und Java3D zum Einsatz. Für die Modellierung mit amira wird keine Programmierung benötigt.

Formate

Die Zellkomponenten liegen im VRML97/WRL-Format vor. Zell-Editor-Dateien werden per XML verwaltet. Die Membranen liegen sowohl im PDB-Format als auch in einem projekt-eigenen XML-Format vor.

Vorbesprechung

Mittwoch, 21.04.2010, 14:00 Uhr c.t., Raum C5-151

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Die Teilnehmer werden in alle Arbeitsprozesse wie Entwurf, Konzeption, Realisierung, Kommentierung etc. involviert sein. Eigeninitiative und -organisation sind wichtige Eigenschaften, die jeder Teilnehmer mit- und einbringen sollte.

Zellbiologische oder stoffwechsel-bezogene Vorkenntnisse sind sehr hilfreich, aber nicht obligatorisch für die Teilnahme. Erste programmierpraktische Erfahrungen sind diesmal nicht unabdingbar. Vorraussetzung ist natürlich die Bereitschaft, sich in das jeweilige Themengebiet einzuarbeiten.

Literaturangaben

weitere Infos:

Externe Kommentarseite

TeilnehmerInnen
registrierte Anzahl : 14
Dies ist die Anzahl der Studierenden, die die Veranstaltung im Stundenplan gespeichert haben. In Klammern die Anzahl der über Gastaccounts angemeldeten Benutzer/innen.
Abruf der Liste der Teilnehmer/innen :
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Falls Sie noch keinen BIS Zugang besitzen oder generelle Hinweise zum Abrufen und zum Umgang mit den Teilnehmerlisten suchen nutzen Sie unsere Hilfeseite
Dort finden Sie auch Informationen dazu, wie Sie aus einer Teilnehmerliste die Ergebnisliste für die Prüfungsdokumentation erstellen und wie Sie diese an die Prüfungsämter übermitteln können.
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Lehrende, ihre Sekretariate sowie für die Pflege der Veranstaltungsdaten zuständige Personen können über diese Adresse E-Mails an die VeranstaltungsteilnehmerInnen verschicken. WICHTIG: Sie müssen verschickte E-Mails jeweils freischalten. Warten Sie die Freischaltungs-E-Mail ab und folgen Sie den darin enthaltenen Hinweisen.
Falls die Belegnummer mehrfach im Semester verwendet wird können Sie die folgende alternative Verteileradresse nutzen, um die TeilnehmerInnen genau dieser Veranstaltung zu erreichen: VST_16766498@ekvv.uni-bielefeld.de
Reichweite :
2 Studierende direkt per E-Mail erreichbar
Hinweise :
Weitere Hinweise zu den E-Mailverteilern
Änderungen/Aktualität der Veranstaltungsdaten
Letzte Änderung Grunddaten/Lehrende :
Freitag, 11. Dezember 2015 
Letzte Änderung Zeiten :
Dienstag, 16. März 2010 
Letzte Änderung Räume :
Freitag, 18. Dezember 2009 
Sonstiges
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