392111 Spezielle Algorithmen auf Sequenzen (Alg. d. Bioinformatik I) (V) (SoSe 2004)

Algorithmische Fragestellungen bei der Analyse endlicher Zeichenketten
werden in der mathematischen und informatischen Literatur schon seit
langer Zeit untersucht. Einen deutlichen Schub hat diese Forschung in
den 1980er und 1990er Jahren durch das Aufkommen der Bioinformatik
erhalten. Dieser Schub begründet sich einerseits qualitativ durch
neue Fragestellungen aus der bioinformatischen Anwendung, andererseits
quantitativ durch die enorme Größe der Datenmengen, mit denen man es
im bioinformatischen Kontext zu tun hat.
In dieser Vorlesung sollen spezielle algorithmische Fragestellungen in
der Sequenzanalyse behandelt werden, die durch die Bioinformatik aufgeworfen
werden. Behandelte Themengebiete sind das paarweise und multiple
Sequenzalignment in verschiedenen Varianten (affine Gapkosten, linearer
Platzbedarf, parametrisches Alignment) sowie der Vergleich zweier oder
mehrerer Genome sowohl auf Sequenz- wie auch auf der Gen-Ebene.

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Grundlagen der Sequenzanalyse

Bibliography

Durbin, R. et al.: Biological Sequence Aanalysis, Cambridge University Press, 1998.
Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.
Setubal, J. & Meidanis, J.: Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing, 1997.

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