392146 Algorithmen in der Massenspektrometrie (Genomik und Proteomik) (S) (WiSe 2003/2004)

Die Technik der Massenspektrometrie hat in den letzten Jahren in der
Proteomik stark an Bedeutung gewonnen, und wird auch zunehmend in der Genomik angewendet. Ein Massenspektrometer ermittelt in wenigen Sekunden das Molekulargewicht von Fragmenten (Teilstrings) eingegebener Peptide oder DNA-Moleküle. Die Technik wird sowohl für die Verbesserung bei Datenbanksuche als auch für de-novo Sequenzierung (Ermittlung der Abfolge der Aminosäuren) von Peptiden eingesetzt. Dies führt zu spannenden neuen Problemstellungen und Herausforderungen. Es wurden in den letzten 10 Jahren mehrere neue Algorithmen entwickelt, die wir in diesem Seminar gemeinsam erarbeiten wollen. Das Gebiet erlaubt, Methoden aus der Graphentheorie, Kombinatorik und Wahrscheinlichkeitstheorie anzuwenden.

Requirements for participation, required level

Interesse an Algorithmen & Datenstrukturen. Kenntnisse in diskreter Mathematik sind hilfreich,
aber nicht Voraussetzung für die Teilnahme.

Bibliography

Pavel Pevzner, Computational Molecular Biology: An
Algorithmic Approach, MIT Press, Cambridge, 2000.

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http://www.TechFak.Uni-Bielefeld.DE/ags/gi/teaching.html