392117 Grundlagen der Sequenzanalyse (V) (WiSe 2002/2003)

Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine,
Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern
werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet.
Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist
dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität
von entscheidender praktischer Bedeutung ist.

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen
und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt.
Viele dieser Algorithmen sind durch biologische Fragestellungen motiviert.
Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B.
der Textverarbeitung und der Datenkompression.

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Algorithmen und Datenstrukturen I und II.

Literaturangaben

Material zur ersten Deutschen Bioinformatik-Sommerschule, Bielefeld,
September 2000
Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Molecular
Biology, PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.
Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer
Science and Computational Biology, Cambridge Press, New York, 1997

Externe Kommentarseite

http://www.techfak.uni-bielefeld.de/ags/pi/lehre/W02.html#392117