In diesem Modul werden praktische Anwendungen und Problemstellungen beim Einsatz bioinformatischer Techniken in der Genomforschung behandelt. Das Modul basiert auf den praktischen Erfahrungen der in Bielefeld durchgeführten Genom- und Postgenomprojekte. Die folgenden Bereiche sollen abgedeckt werden: Datenformate der Bioinformatik, Sequenzerstellung / Genomassemblierung, Genvorhersage (besonders Prokaryonten mit einem Seitenblick auf Eukaryonten), Genomannotation, (hier besonders verfügbare Werkzeuge und Datenbanken), Stoffwechselrekonstruktion und komparative Genomanalyse. In Ergänzung zu den theoretischen Kenntnissen sollen die Studierenden die praktische Anwendung der bioinformatischen Methoden der Genomforschung erlernen. Neben der Kenntnis der Softwarewerkzeuge und Datensammlungen und ihres jeweiligen Einsatzbereiches und der Fähigkeit entsprechende automatisierte Pipelines zu erstellen, soll auch die Qualitätsabschätzung der gewonnenen Ergebnisse behandelt werden. Im Praktikum werden Pipelines für beispielhafte Probleme aus realen Genomprojekten durch die Studierenden erstellt und gemeinsam bewertet. Grundlegende Kenntnisse in der Programmiersprache Python werden vorausgesetzt. Neben semesterbegleitenden Vorträgen und Übungen findet der wesentliche Teil der praktischen Arbeiten in den letzten vier Wochen der Vorlesungszeit im Block statt. Der Termin für die Vorbesprechung in der ersten Semesterwoche wird über den E-Mailverteiler rechtzeitig bekannt gegeben. Voraussetzung für die Vergabe von Leistungspunkten sind ein Vortrag mit zugehöriger schriftlicher Ausarbeitung und eine Demonstration der erstellten Pipeline im Praktikum. Die für diese Veranstaltung relevanten Publikationen und Literaturreferenzen werden in der Vorbesprechung genannt.
Frequency | Weekday | Time | Format / Place | Period | |
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by appointment | V6-116 | 08.04.-19.07.2024 |
Module | Course | Requirements | |
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20-GBSB-MM-VI_a Angewandte Bioinformatik | Angewandte Bioinformatik II | Ungraded examination
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Student information |
39-M-Inf-ABI Angewandte Bioinformatik | Angewandte Bioinformatik | Study requirement
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Student information |
The binding module descriptions contain further information, including specifications on the "types of assignments" students need to complete. In cases where a module description mentions more than one kind of assignment, the respective member of the teaching staff will decide which task(s) they assign the students.