200935 Projektmodul "Biocomputing - Transcriptomics meets Ribonomics" (Pj) (SoSe 2024)

Zellen verfügen über viele Wege, um die Realisierung der genetischen Information auf Ebene der RNA zu beeinflussen. Eine zentrale Rolle spielen dabei RNA-Bindeproteine, die mit RNAs assoziieren und das Schicksal der RNA maßgeblich bestimmen. Mit Hilfe moderner next generation sequencing (NGS) Methoden, wie. z.B. dem RNA-seq, kann das Transkriptom eines Organismus genomweit analysiert werden. Um post-transkriptionelle Regulationsprozesse zu verstehen, ist es jedoch auch notwendig genomweit die Transkripte zu identifizieren, die durch ein bestimmtes RNA-Bindeprotein gebunden werden. Dies wird durch aktuelle Hochdurchsatzmethoden wie z.B. RIP-seq und iCLIP ermöglicht. Im Zentrum dieses Forschungsmoduls stehen die bioinformatische Auswertung von Sequenzierdaten und weiterführende Analysen (z.B. Motivbestimmungen, Analyse von RNA-Sekundärstrukturen, Clustering etc.).