392170 Emerging Biotechnologies: Bioinformatics of tomorrow (S) (WiSe 2004/2005)

Häufig sind es moderne Hochdurchsatz-Techniken aus dem Labor, die neue
Methoden und Algorithmen der Bioinformatik erfordern und im Bereich der Life
Sciences neuartige Forschungsgebiete eröffnen. Oft sind die gewonnen Daten
von bisher unerreichter Güte und haben das Potenzial, den Fokus von
Wissenschaftlern auf ihr Forschungsgebiet zu verschieben. Beispiele sind:

• Genom-Sequenzierung und Sequenzassemblierung
• EST (Expressed Sequence Tags) Analyse
• Expressions-Analyse durch MicroArrays (Bildverarbeitung, Normalisierung)
• Haplotypisierung und SNP Block-Analyse
• Massenspektrometrie

In diesem Seminar wollen wir über Labortechniken sprechen, die
möglicherweise in einigen Jahren Einzug in die Life Sciences finden.
Hauptaugenmerk ist dabei, welche Methoden der Bioinformatik zur Analyse der
Daten verwendet werden können. Auch erlauben es diese neuen Techniken
häufig, neuartige Fragen zu stellen, oder bekannte Fragen auf völlig andere
Weise zu beantworten.

Einige dieser Labortechniken werden nie zu einer weiten Verbreitung finden,
aber oft überdauern ihre bioinformatischen Methoden: beispielsweise wurden
de Bruijn Graphen in der Bioinformatik zuerst zur Lösung des SBH (Sequencing
By Hybridization) Problems eingeführt, werden aber heute auch zur
Sequenzassemblierung, für multiple Alignments oder die DNA
Massenspektrometrie verwandt.

Often, new high-throughput wet-lab techniques drive the development of new
analysis algorithms in Bioinformatics and open up new areas of life sciences
research. The data, being of a new quality, have the potential to radically
alter the perspective of scientists in their field of interest.
Examples are:

• genome sequencing and sequence assembly
• Expressed Sequence Tags analysis
• expression analysis using MicroArrays (image processing, normalization

etc.)

• haplotyping and SNP block analysis
• mass spectrometry analysis

In this seminar, we want to talk about wet-lab techniques that may become
useful in some years and, in particular, what Bioinformatics we will needto
analyze the data. In addition, new techniques often allow to ask new
questions, or to approach well-known questions in a new, radically different
way.

Some new technologies will never become practical in everyday life sciences,
but their Bioinformatics methods may live on: de Bruijn graphs were first
applied to the Sequencing By Hybridization problem, but later proved useful
for fields such as sequence assembly, multiple alignments, or DNA mass
spectrometry.

Requirements for participation, required level

Vortragssprache ist Deutsch oder Englisch

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