392222 Detection of Genomics Structural Variation (S) (SoSe 2016)

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Neben kleinen Veränderungen im Genom, wie der Mutation, der Löschung oder dem Hinzufügen einzelner Basen, spielen vor allem größere, sogenannte "strukturelle Variationen", wie das Löschen, Verschieben, Verdoppeln, Invertieren von längeren Sequenzabschnitten eine große Rolle, zum Beispiel bei der Entwicklung von Krebs. Die Hochdurchsatz-Sequenzierung von kompletten Genomen bietet verschiedene Möglichkeiten, strukturelle Variationen zu detektieren.

In diesem Seminar wollen wir Techniken zur Detektion von strukturellen Variationen betrachten -- aber auch einige Grundlagen, Analysetechniken, etc.

Es handelt sich um ein klassisches Literaturseminar. Am ersten Veranstaltungstag werden verschiedene Themen vorgestellt und an die Teilnehmenden verteilt. In anschließenden Sitzungen tragen Teilnehmende über das gewählte Thema vor und fertigen im Nachklang eine Hausarbeit an. Nach Bedarf wird auch die Thematik des wissenschaftlichen Vortragens und Schreibens besprochen.

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Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Sequenzanalyse

Literaturangaben

Überblicksartikel:

Paul Medvedev, Monica Stanciu & Michael Brudno, Computational methods for discovering structural variation with next-generation sequencing, Nature Methods: 6, S13 - S20 (2009)

http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n11s/full/nmeth.1374.html