392116 Grundlagen der Sequenzanalyse (V) (WiSe 2001/2002)

Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so daß die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch biologische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B.der Textverarbeitung und der Datenkompression.

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Algorithmen und Datenstrukturen I und II.

Literaturangaben

• Skript zur Vorlesung: Lecture notes for Foundations of Sequence Analysis (Winter 2000/2001). See URL further down. Printed copies are available in M3-127.
• Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.
• Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge Press, New York, 1997

Externe Kommentarseite

http://www.techfak.uni-bielefeld.de/techfak/persons/kurtz/PS/GSA.ps.gz