392112 Genome-scale algorithmics (V) (WiSe 2012/2013)

Genome-scale algorithmics, 2 ECTS, 4*3 hours lectures, 2*2 hours exercises
Lecture 1: Alignments revisited, sparse dynamic programming, invariant technique and its
application to affine gap score computation, sparse multiple alignment using Carrillo & Lipman
technique
Lecture 2: High-throughput sequencing (HTS) overview, HTS analysis fundamentals: Burrows-
Wheeler transform, FM-index, search space pruning, variant calling
Lecture 3: RNA-seq, splice variants, co-linear chaining, transcript expression level prediction by
lasso-regression
Lecture 4: Whole genome alignment, MEMs and MUMs and related algorithms on FM-index
variants, applications to substring kernels for characterizing metagenomics data

Bitte beachten:
Die 5 Leistungspunkte dieser Veranstaltungen ergeben sich zusammen mit der Vorlesung "Algorithms in Genome Research" (392109) von Alexander Sczyrba. Wer nur die Vorlesung "Genome-scale algorithms" belegt, bekommt nur 2 Leistungspunkte.

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Die Veranstaltung wird in englischer Sprache gehalten.