209401 Spezialisierung II (Bioinformatik für Biophysiker) (V+Ü) (WiSe 2012/2013)

In diesem Modul werden praktische Anwendungen und Problemstellungen beim Einsatz bioinformatischer Techniken in der Genomforschung behandelt. Das Modul basiert auf den praktischen Erfahrungen der in Bielefeld durchgeführten Genom- und Postgenomprojekte. Die folgenden Bereiche sollen abgedeckt werden: Datenformate der Bioinformatik, Sequenzerstellung/Genomassemblierung, Genvorhersage (besonders Prokaryoten mit einem Seitenblick auf Eukaryoten), Genomannotation (hier besonders verfügbare Werkzeuge und Datenbanken), Speicherung und Analyse von Expressionsdaten, DNA Microarrays und Massenspektren, komparative Genomanalyse. In Ergänzung zu den theoretischen Kenntnissen sollen die Studierenden die praktische Anwendung der bioinformatischen Methoden der Genomforschung erlernen.Neben der Kenntnis der Softwarewerkzeuge und Datensammlungen und ihres jeweiligen Einsatzbereiches und der Fähigkeit diese anzuwenden, soll auch die Qualitätsabschätzung der gewonnenen Ergebnisse behandelt werden. In der Übung werden einige beispielhafte Softwarewerkzeuge auf Probleme aus realen Genomprojekten durch die Studierenden angewendet und die Ergebnisse gemeinsam bewertet.