Module 39-Inf-SAB Special Algorithms in Bioinformatics

Attention: This page shows a discontinued module offer.

Faculty

Person responsible for module

Regular cycle (beginning)

Discontinued

Newer version of this module

Credit points and duration

10 Credit points

For information on the duration of the modul, refer to the courses of study in which the module is used.

Competencies

Den Studierenden werden die verschiedenen bioinformatischen Fragestellungen und Lösungsansätze vermittelt. Im Hauptseminar sollen der Umgang mit Originalliteratur, Präsentationstechniken und die Anfertigung einer schriftlichen Ausarbeitung geübt werden.

Students learn about different bioinformatical problems and their solutions. In the seminar the handling with original literature, presentation techniques and scientific writing will be practiced.

Content of teaching

In diesem Modul werden vertiefende Algorithmen der Bioinformatik behandelt. Hierzu gehören beispielsweise Verfahren zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume, kombinatorische Algorithmen in der Genomik und Proteomik, Methoden zur Proteinstrukturvorhersage und zur Modellierung zellulärer Interaktions- und Regulationskreisläufe.

In this module advanced algorithms of bioinformatics will be dicussed. This includes techniques for reconstruction of phylogenetic trees, combinatorial algorithms in genomics and proteomics, methods for protein structure and for comparative genomics.

Recommended previous knowledge

Grundlegende Kenntnisse in Algorithmen und Datenstrukturen, Sequenzanalyse und Genomforschung.

Basic knowledge of algorithms and data structures, sequence analysis and genome research.

Necessary requirements

Vorausgesetzte Module:
39-Inf-1: Algorithmen und Datenstrukturen

Explanation regarding the elements of the module

Die Modul(teil)prüfung kann in einigen Studiengängen nach Wahl der Studierenden auch "unbenotet" erbracht werden. Vor Erbringung ist eine entsprechende Festlegung vorzunehmen, eine nachträgliche Änderung (benotet - unbenotet) ist ausgeschlossen. Wird die Option "unbenotet" gewählt, ist es nicht möglich, dieses Modul zu verwenden, um es in einen Studiengang einzubringen, in dem dieses Modul bei der Gesamtnotenberechnung berücksichtigt wird.

The (partial) examination of the module can be performed as "ungraded" in some study programs at the students choice. Before the examination a respective determination must be carried out, a later modification (graded - ungraded) is impossible. If the "ungraded" option is chosen, it is not possible to include this module in a study program where this module is deemed to enter the calculation of the overall grade.

Module structure: 1 SL, 0-1 bPr, 0-1 uPr 1

Courses

Algorithmische Implementierung
Type guided self-study
Regular cycle WiSe&SoSe
Workload5 30 h (0 + 30)
LP 1 [SL]

Das angeleitete Selbststudium beginnt mit einer Aufgabenstellung, die selbstständig bearbeitet wird. Bei Fragen/Problemen steht die/der Lehrende zur Verfügung. Am Ende der Vorlesungszeit findet ein Präsenztermin statt, in dem die Studierenden ihre Ergebnisse präsentieren.

The guided self-study begins with setting a task, which is then worked on autonomously. In case of questions/problems, the teacher is available. At the end oft the semester, an appointment is arranged where the students have to present their results.

Ausgewählte Vorlesung zu Spezielle Algorithmen der Bioinformatik
Type lecture
Regular cycle WiSe&SoSe
Workload5 60 h (30 + 30)
Ausgewähltes Seminar zu Spezielle Algorithmen der Bioinformatik
Type seminar
Regular cycle WiSe&SoSe
Workload5 120 h (30 + 90)
LP 4
Übung zur Vorlesung
Type tutorial (in connection with lecture/seminar)
Regular cycle WiSe&SoSe
Workload5 30 h (30 + 0)
LP 1

Study requirements

Allocated examiner Workload LP2
Teaching staff of the course Algorithmische Implementierung (guided self-study)

Programmierung mit anschließender Präsentation (ca. 15 Minuten).

Programming with subsequent presentation (approx. 15 minutes).

see above see above

Examinations

portfolio with final examination
Weighting without grades
Workload 60h
LP2 2

In einigen Studiengängen der Technischen Fakultät kann die Modulprüfung nach Wahl der Studierenden auch "unbenotet" erbracht werden (s. Erläuterungen zu den Modulelementen und die jeweilige FsB). Wird die unbenotete Option gewählt, ist es nicht möglich, dieses Modul zu verwenden, um es in einen Studiengang einzubringen, in dem dieses Modul bei der Gesamtnotenberechnung berücksichtigt wird.
Erläuterungen zu dieser Prüfung siehe unten (benotete Prüfungsvariante).

portfolio with final examination
Weighting 1
Workload 60h
LP2 2

Portfolio aus Übungsaufgaben, die veranstaltungsbegleitend und in der Regel wöchentlich gestellt werden, und Abschlussklausur (in der Regel 90 min) oder mündlicher Abschlussprüfung (in der Regel 15-25 min). Die Übungsaufgaben ergänzen und vertiefen den Inhalt der Vorlesung. Mitarbeit in den Übungsgruppen (Zweimaliges Vorrechnen von Übungsaufgaben nach Aufforderung.) Die Veranstalterin/der Veranstalter kann einen Teil der Übungsaufgaben durch Präsenzübungen ersetzen. Nachweis einer ausreichenden Zahl korrekt gelöster Übungsaufgaben (in der Regel 50% der im Semester für das Lösen der Aufgaben erzielbaren Punkte). Die Abschlussprüfung bezieht sich auf den Inhalt der Vorlesung und der Übung und dient der Bewertung. Ob das Modul mit einer Klausur oder einer mündlichen Prüfung abgeschlossen wir, wird vom Lehrenden zu Beginn der Veranstaltung bekannt gegeben.

Portfolio of homework assignments accompanying the lecture, usually given weekly, and final written exam (90 min) or oral exam (15-25 min). The assignments complement and deepen the content of the lecture. Participation in the tutorials (explaning solutions of assignments twice upon request). The lecturer may replace parts oft he homework assignments by attendance assignments. Proof of a sufficient amount of correctly solved assignments (usually 50% of the maximum total score in the semester). The final exam covers the content of the lecture and the assignments, and serves for grading. The lecturer announces at the beginning oft he lecture whether the module is concluded by a written or an oral exam.

Further notices

Bei diesem Modul handelt es sich um ein eingestelltes Angebot. Ein entsprechendes Angebot, um dieses Modul abzuschließen, wurde bis maximal Sommersemester 2015 vorgehalten. Genaue Regelungen zum Geltungsbereich s. jeweils aktuellste FsB Fassung. Eine neue Version dieses Moduls gilt seit dem Wintersemester 2015/16.
Bisheriger Angebotsturnus war jedes Semester.

The module is used in these degree programmes:

Degree programme Version Recom­mended start 3 Duration Manda­tory option 4
Bioinformatics and Genome Research / Bachelor of Science [FsB vom 31.08.2012 mit Berichtigung vom 04.11.2013 und Änderungen vom 15.04.2013, 01.04.2014, 15.10.2014, 02.03.2015 und 01.12.2015] Bachelor with One Core Subject (Academic) 5. o. 6. one semester Compul­sory optional subject
Bioinformatics and Genome Research / Master of Science [FsB vom 17.12.2012 mit Änderungen vom 15.04.2013, 15.10.2014, 02.03.2015, 17.08.2015 und Berichtigungen vom 17.11.2014 und 01.12.2015] 1. o. 2. one semester Compul­sory optional subject
Informatics / Bachelor [FsB vom 31.08.2012 mit Berichtigung vom 04.11.2013 und Änderungen vom 15.04.2013, 01.04.2014, 15.10.2014, 02.03.2015 und 01.12.2015] Minor Subject (Academic), 60 CPs 5. o. 6. one semester Compul­sory optional subject
Informatics for the Natural Sciences / Master of Science [FsB vom 17.12.2012 mit Änderungen vom 15.04.2013, 01.04.2014, 15.10.2014, 02.03.2015, 01.12.2015 und Berichtigungen vom 01.04.2014, 17.11.2014 und 12.07.2017] 1. o. 2. one semester Compul­sory optional subject

Automatic check for completeness

The system can perform an automatic check for completeness for this module.


Legend

1
The module structure displays the required number of study requirements and examinations.
2
LP is the short form for credit points.
3
The figures in this column are the specialist semesters in which it is recommended to start the module. Depending on the individual study schedule, entirely different courses of study are possible and advisable.
4
Explanations on mandatory option: "Obligation" means: This module is mandatory for the course of the studies; "Optional obligation" means: This module belongs to a number of modules available for selection under certain circumstances. This is more precisely regulated by the "Subject-related regulations" (see navigation).
5
Workload (contact time + self-study)
SL
Study requirement
Pr
Examination
bPr
Number of examinations with grades
uPr
Number of examinations without grades
Diese Leistung kann gemeldet und verbucht werden.