392137 XML in der Bioinformatik (S) (WiSe 2002/2003)
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-
Die Bioinformatik beschäftigt sich u.a. mit der Erfassung und Analyse
von Daten aus biologischen Untersuchungen. Sie hat einen Schwerpunkt im
Bereich der Genetik. Dort fallen verhältnismäßig große Datenmengen an,
z.B. bei der Sequenzierung und Annotation eines Genoms. Diese Daten
werden traditionell in sehr einfachen Textdateien gespeichert, für die
keine standardisierten Formatvorgaben existieren. Dies führt immer
wieder zu Problemen beim Austausch von Daten.XML, die Extensible Markup Language, ist ein Verfahren, um Daten
strukturiert zu beschreiben. Mit Hilfe von Grammatiken ist es möglich,
den Aufbau einer XML-Datei formal zu definieren. Dies erleichtert
z.B. in der Bioinformatik den Austausch von Daten zwischen verschiedenen
Auswertungsschritten. Innerhalb kurzer Zeit wurden eine Vielzahl von
XML-basierten Sprachen vorgeschlagen, die verschiedene Bereiche der
Bioinformatik abdecken. Anwendungsfelder umfassen z.B.- Sequenzen, Alignments, Annotationen, Datenbankeinträge
- physikalische/chemische Informationen
- Proteine
- Expressionsergebnisse, Microarrays
- Metabolische Pfade
- Ausgaben von Werkzeugen (blast)
- Taxonomien, Ontologien
Häufig existieren in jedem dieser Bereiche mehrere konkurierende
Lösungen, die ihre jeweiligen Stärken und Schwächen haben.In dieser Veranstaltungen wollen wir uns zunächst die biologischen und
bioinformatischen Aspekte der einzelnen Bereiche ansehen. Anschließend
sollen die existierenden XML-Lösungen vorgestellt werden. Sofern es die
Zeit erlaubt, sollen die Teilnehmer durch Übungen am Computer praktische
Erfahrungen im Umgang mit XML-basierten Bioinformatik-Tools sammeln
können.
Requirements for participation, required level
-
Die Veranstaltung richtet sich an Studierende aller Studiengänge mit
biologischem oder bioinformatischem Anteil im Hauptstudium. Vorkenntnisse
über XML sind von Vorteil, werden aber nicht vorausgesetzt.
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Teaching staff
Dates ( Calendar view )
| Frequency | Weekday | Time | Format / Place | Period |
|---|
Subject assignments
| Degree programme/academic programme | Validity | Variant | Subdivision | Status | Semester | LP | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Bioinformatik und Genomforschung / Bachelor | (Enrollment until SoSe 2011) | ||||||
| Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom | (Enrollment until SoSe 2004) | Biologie; Biotechnologie; BioI | HS |
- Address:
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- If the reference number is used for several courses in the course of the semester, use the following alternative address to reach the participants of exactly this: VST_1043656@ekvv.uni-bielefeld.de
- Notes:
- Additional notes on the electronic mailing lists
- Last update basic details/teaching staff:
- Friday, December 11, 2015
- Last update times:
- ?
- Last update rooms:
- ?
- Type(s) / SWS (hours per week per semester)
- seminar (S) / 2
- Department
- Faculty of Technology
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- Questions or correction requests for this course?
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