Back to the roots! Es ist schon einige Zeit her, als das interdisziplinäre CELLmicrocosmos-Projekt mit der Idee begann, eine virtuelle Zellumgebung zu schaffen. Zu diesem Grundgedanken werden wir in diesem Projekt zurückkehren und dabei von den Ergebnissen der Vorgängerprojekte profitieren.
Während sich diese zu großen Teilen mit der Datenakquise beschäftigt haben, wird es in diesem Projekt darum gehen, diese Daten in ansprechender Form zu präsentieren und zu explorieren.
Orientierung wird hier die DisplayCell-Umgebung bieten, die seinerzeit in C++ programmiert wurde und auf amira basierte (Cm1).
Die Daten, die dargestellt werden sollen, beziehen sich auf
Die Basis für dieses Projekt wird der Zelleditor sein, der bereits erfolgreich für das Pathway Integration Projekt (Cm4) verwendet wurde.
Darüberhinaus soll im Rahmen dieses Projektes die 3D-Stereoskopie bei der Entwicklung zum Einsatz kommen, ein Verfahren, mit welchem sich optisch wahrnehmbare 3D-Räume schaffen lassen. Hierfür stehen drei Workstations in unserem Labor zur Verfügung.
Ein breites Themenspektrum kann auch diesmal abgedeckt werden:
Arbeitsaufwand studiengang-abhängig:
Der Arbeitsaufwand wird sich nach den jeweiligen CreditPoints richten.
Ablauf:
Die genauen Inhalte werden sich nach dem Kenntnisstand der Teilnehmer richten. Der zeitliche Ablauf des Projektseminars wird in den ersten Sitzungen festgelegt werden.
Möglicher Ablauf:
1. Recherche und Analyse zu bereits vorhandenen Ansätzen
2. Präsentation der Ergebnisse (Referate)
3. Konzeption des Projektes
4. Programmieren in Gruppen
5. Abschlußpräsentation
Programmiersprache:
Als Programmiersprache kommt eine Kombination aus Java und Java3D zum Einsatz.
Formate:
Die Zellkomponenten liegen im VRML97/WRL-Format vor. Zell-Editor-Dateien werden per XML verwaltet. Die Membranen liegen sowohl im PDB-Format als auch in einem projekt-eigenen XML-Format vor.
Vorbesprechung:
Mittwoch, 22.04.2008, 14:00 Uhr c.t., Raum C5-151
Die Teilnehmer werden in alle Arbeitsprozesse wie Entwurf, Konzeption, Realisierung, Kommentierung etc. involviert sein. Eigeninitiative und -organisation sind wichtige Eigenschaften, die jeder Teilnehmer mit- und einbringen sollte.
Zellbiologische oder stoffwechsel-bezogene Vorkenntnisse sind sehr hilfreich, aber nicht obligatorisch für die Teilnahme. Erste programmierpraktische Erfahrungen sind für das große Projekt (10 CP) unabdingbar sowie natürlich die Bereitschaft, sich in die Theorie der jeweiligen Themengebiete einzuarbeiten.
weitere Infos:
Rhythmus | Tag | Uhrzeit | Format / Ort | Zeitraum | |
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nach Vereinbarung | n. V. | C5-151 | 22.04.-24.07.2009 |
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Studiengang/-angebot | Gültigkeit | Variante | Untergliederung | Status | Sem. | LP | |
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Bioinformatik und Genomforschung / Master | (Einschreibung bis SoSe 2012) | Projekt Bioinformatik | Wahlpflicht | 2. 4. | 10 | unbenotet | |
Bioinformatik und Genomforschung / Master | (Einschreibung bis SoSe 2012) | Informationssysteme | Wahlpflicht | 2. | 3 | unbenotet | |
Medieninformatik und Gestaltung / Bachelor | (Einschreibung bis SoSe 2011) | Wahlpflicht Medieninformatik | 6. | 3 | unbenotet | ||
Medienwissenschaft, interdisziplinäre / Master | (Einschreibung bis SoSe 2014) | Modul 4 | Wahlpflicht | 3 | unbenotet | ||
Molekulare Biotechnologie / Master | (Einschreibung bis SoSe 2012) | Informationssysteme | Wahlpflicht | 2. | 3 | unbenotet | |
Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom | (Einschreibung bis SoSe 2004) | allgem.HS; BioI | HS | ||||
Naturwissenschaftliche Informatik / Master | (Einschreibung bis SoSe 2012) | Informationssysteme in der mol | Wahlpflicht | 2. | 3 | unbenotet | |
Naturwissenschaftliche Informatik / Master | (Einschreibung bis SoSe 2012) | Projekt I; Projekt II | Wahlpflicht | 2. | 10 | unbenotet |