Interaktionen von Pflanzen mit Mikroorganismen lassen sich grundlegend in symbiontische, für die Pflanze förderliche, sowie in parasitäre, die Pflanze schädigende, Interaktionen einteilen. Bei beiden Interaktionsarten kommt es häufig zu komplexen morphologischen und physiologischen Veränderungen, die mit grundlegenden Veränderungen auf molekularer Ebene einhergehen.
Diese molekularen Reaktionen und Mechanismen sollen beispielhaft anhand der Modellpflanze (-Leguminose) Medicago truncatula charakterisiert werden. Dazu werden M. truncatula Pflanzenzellkulturen zum einen mit symbiontischen Rhizobien-Bakterien, zum anderen mit einem pflanzenpathogenen (pilz-ähnlichen) Oomyceten infiziert. Es wird in dem Kurs mit Pflanzenzellkulturen, Mikroorganismen, 2-dimensionaler Gelelektrophorese, Massenspektronomie und Protein-Datenbanken gearbeitet. Des weiteren werden Infektionsstrategien sowie frühe molekulare Mechanismen pflanzlicher Abwehr behandelt.