392017 Phylogenetics (V) (WiSe 2025/2026)
Contents, comment
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Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik und umfasst ein großes Repertoire an algorithmischen Problemstellungen und Lösungstechniken. In dieser Vorlesung werden traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Dabei liegt ein klarer Schwerpunkt auf der algorithmischen Problembehandlung, welche über die Phylogenetik hinaus Anwendung finden:
- Graphentheorie
- Dynamische Programmierung
- Komplexitätsanaylse
- Clusteringverfahren
- Maximum Likelihood
Themen werden u.a. sein:
- Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
- Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
- Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
- Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
- Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen
Die Vorlesung wird in Präsenz abgehalten werden. Inhalte sind in einem ausführlichen Vorlesungsskript erläutert und werden per Vorlesung und Tutorium mithilfe von weiteren Abbildungen und des Einsatzes viel farbiger Kreide erarbeitet. Weitere Details hierzu werden im Lernraum bekanntgegeben.
Requirements for participation, required level
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Erwartet: "Algorithmen und Datenstrukturen" oder Ähnliches.
Empfohlen: "Sequenzanalyse"
Bibliography
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- J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
- R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
- D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
- D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
- M.A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.
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Teaching staff
Dates ( Calendar view )
| Frequency | Weekday | Time | Format / Place | Period | |
|---|---|---|---|---|---|
| weekly | Do | 10-12 | 13.10.2025-06.02.2026 |
Subject assignments
| Module | Course | Requirements | |
|---|---|---|---|
| 39-Inf-WP-AP Algorithmen & Programmierung (Basis) | Einführende Vorlesung | Student information | |
| - | Graded examination | Student information | |
| 39-Inf-WP-AP-x Algorithmen & Programmierung (Schwerpunkt) | Einführende Veranstaltung Seminar o. Vorlesung | Student information | |
| - | Graded examination | Student information | |
| 39-Inf-WP-CLS Computational Life Sciences (Basis) | Einführende Vorlesung | Student information | |
| - | Graded examination | Student information | |
| 39-Inf-WP-CLS-x Computational Life Sciences (Schwerpunkt) | Einführende Veranstaltung Seminar o. Vorlesung | Student information | |
| - | Graded examination | Student information |
The binding module descriptions contain further information, including specifications on the "types of assignments" students need to complete. In cases where a module description mentions more than one kind of assignment, the respective member of the teaching staff will decide which task(s) they assign the students.
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- Coverage:
- 2 Students to be reached directly via email
- Notes:
- Additional notes on the electronic mailing lists
- Last update basic details/teaching staff:
- Friday, June 6, 2025
- Last update times:
- Friday, June 6, 2025
- Last update rooms:
- Friday, June 6, 2025
- Type(s) / SWS (hours per week per semester)
- lecture (V) / 2
- Department
- Faculty of Technology
- Questions or corrections?
- Questions or correction requests for this course?
- Planning support
- Clashing dates for this course
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