Module 39-Inf-12 Sequence Analysis

Faculty

Person responsible for module

Regular cycle (beginning)

Every summer semester

Credit points and duration

10 Credit points

For information on the duration of the modul, refer to the courses of study in which the module is used.

Competencies

Den Studierenden werden die theoretischen Grundlagen der Sequenzanalyse vermittelt, sie lernen die gängigen Werkzeuge kennen und sammeln praktische Erfahrung mit diesen Werkzeugen.

Students learn theoretical fundamentals of sequence analysis, get to know common tools and gain practical experience in using these.

Content of teaching

In diesem Modul werden die gängigen Techniken der Sequenzanalyse behandelt: Exakte und approximative Textsuche, paarweises und multiples Alignment, Datenstrukturen zur Indizierung von Texten, Werkzeuge zur schnellen Sequenzdatenbanksuche.

This module covers common techniques in sequence analysis: Exact and approximative string matching, pairwise and multiple alignment, text index datastructures, tools for fast database search.

Recommended previous knowledge

39-Inf-AD Grundlagen der Algorithmen und Datenstrukturen

Necessary requirements

Erfolgreicher Abschluss des Moduls 39-Inf-1: Algorithmen und Datenstrukturen oder 39-Inf-PP Prinzipien der Programmierung

Explanation regarding the elements of the module

Module structure: 1 SL, 1 bPr 1

Courses

Sequenzanalyse
Type tutorial (in connection with lecture/seminar)
Regular cycle SoSe
Workload5 30 h (30 + 0)
LP 1
Sequenzanalyse
Type lecture
Regular cycle SoSe
Workload5 60 h (45 + 15)
LP 2
Sequenzanalyse-Praktikum
Type tutorial (in connection with lecture/seminar)
Regular cycle WiSe
Workload5 150 h (60 + 90)
LP 5 [SL]

Study requirements

Allocated examiner Workload LP2
Teaching staff of the course Sequenzanalyse-Praktikum (tutorial (in connection with lecture/seminar))

Bearbeitung von Praktikumsaufgaben (Literaturarbeit, Programmierung, Datenanalyse) mit anschließender Anfertigung eines Ergebnisprotokolls, Referat (30 - 45 Minuten) mit Ausarbeitung (5 - 10 Seiten).

Attending to practical assignments (literature research, programming, data analysis) including
subsequent preparation of resolution minutes, oral presentation (30 - 45 minutes) and paper (5 - 10 pages).

see above see above

Examinations

portfolio with final examination
Allocated examiner Person responsible for module examines or determines examiner
Weighting 1
Workload 60h
LP2 2

Portfolio mit Abschlussprüfung bestehend aus:
1) Portfolio von Übungen zu Inhalten der Vorlesung
Übungsaufgaben oder Programmieraufgaben, die veranstaltungsbezogen gestellt werden (Bestehensgrenze 50% der erzielbaren Punkte). Die Kontrolle der Übungsaufgaben umfasst auch direkte Fragen zu den Lösungsansätzen, die von den Studierenden in den Übungen beantwortet werden müssen. Der*die Lehrende kann ein individuelles Erläutern und Vorführen von Aufgaben verlangen (zweimaliges Vorrechnen von Übungsaufgaben nach Aufforderung) sowie einen Teil der Übungsaufgaben durch Präsenzübungen ersetzen. Die Übungsaufgaben im Rahmen des Portfolios werden in der Regel wöchentlich ausgegeben und dienen dem begleitenden Erlernen selbständiger Umsetzungen der in der Vorlesung vorgestellten Lerninhalte.

2) einer Abschlussprüfung zur Vorlesung
Die Abschlussprüfung zu den Inhalten der Vorlesung nimmt Bezug auf die Übungs- oder Programmieraufgaben oder entwickelt sich aus den in den Übungen erlernten Kompetenzen.
Eine weitergehende Konkretisierung insbesondere zum zeitlichen Umfang der Abschlussprüfung erfolgt in der Beschreibung der Veranstaltung.

Abschlussklausur (im Umfang von ca. 90 Minuten) oder mündliche Abschlussprüfung (im Umfang von ca. 15 -25 Minuten) zu den in der Vorlesung vermittelten und in den Übungen erarbeiteten Inhalten.

Die Klausur kann alternativ als eKlausur, Open Book Klausur oder eOpen Book Klausur geprüft werden. Im Falle von Open Book Klausur und eOpen Book Klausur beträgt der Umfang 120-180 Minuten.

Beide Portfolioelemente werden durch eine*n Prüfer*in geprüft. Es erfolgt eine abschließende Gesamtbewertung.

Portfolio of homework assignments accompanying the lecture, usually given weekly, and final written exam (90 min) or oral exam (15 - 25 min). The assignments complement and deepen the content of the lecture.
Participation in the tutorials (explaning solutions of assignments twice upon request). The lecturer may replace parts oft he homework assignments by attendance assignments. Proof of a sufficient amount of correctly solved assignments (usually 50% of the maximum total score in the semester). The final exam covers the content of the lecture and the assignments, and serves for grading. The lecturer announces at the beginning oft he lecture whether the module is concluded by a written or an oral exam.

The module is used in these degree programmes:

Degree programme Version Profile Recom­mended start 3 Duration Manda­tory option 4
Bioinformatics and Genome Research / Bachelor of Science [FsB vom 30.09.2016 mit Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018, 01.07.2019 und 16.08.2021] Bachelor with One Core Subject (Academic) 2. two semesters Obli­gation
Bioinformatics and Genome Research / Master of Science [FsB vom 30.09.2016 mit Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018, 04.06.2020 und 31.03.2023] 1. two semesters Compul­sory optional subject
Informatics / Bachelor of Science [FsB vom 16.05.2023 mit Änderung vom 01.08.2023] Major Subject (Academic) Bioinformatics 3. two semesters Obli­gation
Informatics / Bachelor [FsB vom 16.05.2023 mit Änderung vom 01.08.2023] Minor Subject (Academic), 60 CPs Practical Informatics 3. o. 5. two semesters Compul­sory optional subject
Informatics / Bachelor [FsB vom 16.05.2023 mit Änderung vom 01.08.2023] Minor Subject (Academic), 60 CPs Technical Informatics 3. o. 5. two semesters Compul­sory optional subject
Informatics / Bachelor of Science [FsB vom 04.06.2020 mit Änderung vom 15.12.2021] Major Subject (Academic) Bioinformatics 2. two semesters Obli­gation
Informatics / Bachelor [FsB vom 04.06.2020 mit Änderung vom 15.12.2021] Minor Subject (Academic), 60 CPs Practical Informatics 5. two semesters Compul­sory optional subject
Informatics / Bachelor [FsB vom 04.06.2020 mit Änderung vom 15.12.2021] Minor Subject (Academic), 60 CPs Technical Informatics 5. two semesters Compul­sory optional subject
Informatics / Bachelor [FsB vom 30.09.2016 mit Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018, 15.11.2019 und 16.08.2021] Minor Subject (Academic), 60 CPs Practical Informatics 5. two semesters Compul­sory optional subject
Informatics / Bachelor [FsB vom 30.09.2016 mit Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018, 15.11.2019 und 16.08.2021] Minor Subject (Academic), 60 CPs Technical Informatics 5. two semesters Compul­sory optional subject
Interdisciplinary Biomedicine / Master of Science [FsB vom 02.07.2018 mit Änderungen vom 16.05.2023 und 28.03.2024] Bioinformatics 2. two semesters Compul­sory optional subject
Interdisciplinary Biomedicine / Master of Science [FsB vom 02.07.2018 mit Änderungen vom 16.05.2023 und 28.03.2024] Health Science 2. two semesters Compul­sory optional subject
Informatics for the Natural Sciences / Master of Science [FsB vom 30.09.2016 mit Berichtigung vom 10.01.2017 und Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018, 04.06.2020 und 31.03.2023] 2. two semesters Compul­sory optional subject

Automatic check for completeness

The system can perform an automatic check for completeness for this module.

Previus version of this module


Legend

1
The module structure displays the required number of study requirements and examinations.
2
LP is the short form for credit points.
3
The figures in this column are the specialist semesters in which it is recommended to start the module. Depending on the individual study schedule, entirely different courses of study are possible and advisable.
4
Explanations on mandatory option: "Obligation" means: This module is mandatory for the course of the studies; "Optional obligation" means: This module belongs to a number of modules available for selection under certain circumstances. This is more precisely regulated by the "Subject-related regulations" (see navigation).
5
Workload (contact time + self-study)
SL
Study requirement
Pr
Examination
bPr
Number of examinations with grades
uPr
Number of examinations without grades
Diese Leistung kann gemeldet und verbucht werden.

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Programme of lectures (eKVV)

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