Every winter semester
10 Credit points
For information on the duration of the modul, refer to the courses of study in which the module is used.
Die Studierenden sollen aktuelle bioinformatische Methoden der Genomforschung kennenlernen und praktische Erfahrung mit diesen sammeln. Dies umfasst sowohl die zugrundeliegenden mathematischen und algorithmischen Techniken als auch die Kenntnis geeigneter Softwarewerkzeuge, die diese Techniken implementieren. Im Praktikum sollen auch kleinere Eigenentwicklungen erstellt und an realen Daten getestet werden.
Während die Vorlesung zunächst einen Überblick über die existierenden Algorithmen gibt, werden im Praktikum verschiedene Softwarewerkzeuge kennengelernt, die diese Algorithmen implementieren. Dies geschieht in Form von 10-15 Praktikumsaufgaben, die mit Hilfe eines oder mehrerer Werkzeuge gelöst werden müssen, ggf. unter Zuhilfenahme selbstgeschriebener Skripte. Die Ergebnisse werden im Plenum präsentiert.
The students learn about up-to-date bionformtics methods in genome research. This covers basic mathematical and algorithmical skills and knowledge of suitable software tools that implement these techniques. In the practical course some smaller software tools will be implemented and tested with real data sets.
During the lecture the students get an overview of existing algorithms, in the exercises they learn about different software tools that implement these algorithms. This will happen with 10-15 laboratory exercises that have to be solved with the software tools, sometimes using of self-written scripts. The results will be presented in the plenum.
In diesem Modul werden verschiedene bioinformatische Techniken in der Genomforschung behandelt. Hierunter fallen Algorithmen zur Genomkartierung und -assemblierung, Methoden zur funktionellen Genomannotation, insbesondere Genvorhersage und -funktionsbestimmung, Verfahren zur Analyse von DNA-Microarrays und Massenspektren, Methoden und Modelle zur Proteinstrukturvorhersage sowie Algorithmen zum Vergleich zweier oder mehrerer Genome.
In this module different bionformatical techniques will be handled, e.g. algorithms for genome mapping and assembling, methods for functional genome annotation, in particular gene prediction and function identification, techniques for analyses of DNA-Microarrays and mass spectrums, methods and modells for protein structure prediction and algorithms for comparison with two or more genomes.
Grundkenntnisse in Algorithmen und Datenstrukturen, Sequenzanalyse und Genomforschung
Basic knowledge in Algorithms and Data Structures, Sequence Analysis and Genome Research
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Die Modul(teil)prüfung kann in einigen Studiengängen nach Wahl der Studierenden auch "unbenotet" erbracht werden. Vor Erbringung ist eine entsprechende Festlegung vorzunehmen, eine nachträgliche Änderung (benotet - unbenotet) ist ausgeschlossen. Wird diese Option gewählt, ist es nicht möglich, dieses Modul zu verwenden, um es in einen Studiengang einzubringen, in dem dieses Modul bei der Gesamtnotenberechnung berücksichtigt wird.
The (partial) examination of the module can be performed as "ungraded" in some study programs at the students choice. Before the examination a respective determination must be carried out, a later modification (graded - ungraded) is impossible. If the "ungraded" option is chosen, it is not possible to include this module in a study program where this module is deemed to enter the calculation of the overall grade.
Module structure: 1 SL, 0-1 bPr, 0-1 uPr 1
Allocated examiner | Workload | LP2 |
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Teaching staff of the course
Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung
(internship)
Selbstständiges Bearbeiten von Praktikumsaufgaben autonomous dealing of exercises in the practical course |
see above |
see above
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In einigen Studiengängen der Technischen Fakultät kann die Modulprüfung nach Wahl der Studierenden auch "unbenotet" erbracht werden (s. Erläuterungen zu den Modulelementen und die jeweilige FsB). Wird die unbenotete Option gewählt, ist es nicht möglich, dieses Modul zu verwenden, um es in einen Studiengang einzubringen, in dem dieses Modul bei der Gesamtnotenberechnung berücksichtigt wird.
Erläuterungen zu dieser Prüfung siehe unten (benotete Prüfungsvariante).
Mündliche Prüfung (ca. 15-25 min.) über die Inhalte von Vorlesung und Übungen.
oral examamination (15-25 min.) about the contents of lecture and exercises
Degree programme | Recommended start 3 | Duration | Mandatory option 4 |
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Bioinformatics and Genome Research / Master of Science [FsB vom 30.09.2016 mit Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018, 04.06.2020 und 31.03.2023] | 1. | two semesters | Compulsory optional subject |
Bioinformatics and Genome Research / Master of Science [FsB vom 17.12.2012 mit Änderungen vom 15.04.2013, 15.10.2014, 02.03.2015, 17.08.2015 und Berichtigungen vom 17.11.2014 und 01.12.2015] | 1. | two semesters | Compulsory optional subject |
Informatics for the Natural Sciences / Master of Science [FsB vom 30.09.2016 mit Berichtigung vom 10.01.2017 und Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018, 04.06.2020 und 31.03.2023] | 1. | two semesters | Compulsory optional subject |
Informatics for the Natural Sciences / Master of Science [FsB vom 17.12.2012 mit Änderungen vom 15.04.2013, 01.04.2014, 15.10.2014, 02.03.2015, 01.12.2015 und Berichtigungen vom 01.04.2014, 17.11.2014 und 12.07.2017] | 1. | two semesters | Compulsory optional subject |
The system can perform an automatic check for completeness for this module.