Modul 20-SP_ver1 Anwendungsorientierte Analyse von Postgenom-Datensätzen mit Python
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Fakultät
Modulverantwortliche*r
Turnus (Beginn)
Auslaufendes Angebot
Neuere Version dieses Moduls
Leistungspunkte und Dauer
5 Leistungspunkte
Die Angaben zur Moduldauer finden Sie bei den Studiengängen, in denen das Modul verwendet wird.
Kompetenzen
Die Studierenden haben in diesem Modul theoretische Kenntnisse der bioinformatischen Methoden zur Verarbeitung und Auswertung von Genom- und Postgenomdaten (Transkriptomik, Proteomik, Metabolomik) kennen gelernt und können diese praktisch anwenden. Dies umfasst die Kenntnis entsprechender Software und Datenbanken, sowie die Fähigkeit zur Erstellung von Analyse-Pipelines zur Datenauswertung. In den Übungen wurden hierzu die zur eigenständigen Erstellung von Skripten erforderlichen Kenntnisse in der Programmsprache Python erworben. Aufgrund der gewonnenen Erkenntnisse sind die Studierenden in der Lage, eine Qualitätsabschätzung gewonnener Ergebnisse vorzunehmen. Durch in der Regel wöchentlich gestellte Übungsaufgaben wird die Fähigkeit überprüft, die Bedeutung und den Ablauf der praktischen Anwendungsbeispiele darzustellen und die erzielten Ergebnisse zu interpretieren.
Lehrinhalte
In diesem Modul werden anwendungsorientierte Einblicke in die bioinformatische Verarbeitung und Auswertung von Genom- und Postgenomdaten zur Adressierung aktueller biologischer Fragestellungen vermittelt. Ziel der Veranstaltung ist das Erlernen der Programmiersprache Python zur eigenständigen Erstellung von Skripten, sowie das Erlernen methodischer Ansätze bei der Auswertung von umfangreichen Datensätzen der funktionellen Genomik. Beispielhaft sollen Probleme aus realen Projekten durch die Teilnehmer insbesondere im Kontext der dramatisch angestiegenen Datenmengen in allen Bereichen der Postgenomik (Stichwort "Big Data") gemeinsam analysiert, bearbeitet und ausgewertet werden. Das Themenspektrum reicht hierbei von Datenformaten in der Bioinformatik über die Annotation von Genen/Genomen bis zur Auswertung von Expressionsdaten (RNA-Seq) und Proteom-Datensätzen.
Empfohlene Vorkenntnisse
Empfohlen sind Kompetenzen, wie sie beispielsweise in den Modulen 39-Inf-12 Sequenzanalyse und 39-Inf-1 Algorithmen und Datenstrukturen erworben werden können.
Notwendige Voraussetzungen
—
Erläuterung zu den Modulelementen
Modulstruktur: 1 uPr 1
Veranstaltungen
| Titel | Art | Turnus | Workload (Kontaktzeit + Selbststudium) | LP2 |
|---|---|---|---|---|
| Anwendungsorientierte Analyse von Postgenom-Datensätzen mit Python | Vorlesung | SoSe | 60h (30 + 30) | 2 |
| Anwendungsorientierte Analyse von Postgenom-Datensätzen mit Python | Übung | SoSe | 90h (30 + 60) | 3 [Pr] |
Prüfungen
| Organisatorische Zuordnung | Art | Gewichtung | Workload | LP2 |
|---|---|---|---|---|
|
Anwendungsorientierte Analyse von Postgenom-Datensätzen mit Python
(Übung)
Für die Übungen zu der Vorlesung müssen wöchentlich in der Regel 2-3 Aufgaben zunächst selbstständig bearbeitet und die Lösungsansätze anschließend im Rahmen der Übungen gemeinsam besprochen und diskutiert werden. Die zu bearbeitenden Übungsaufgaben werden jeweils eine Woche vorher ausgegeben. Zum Bestehen erforderlich ist der Nachweis einer ausreichenden Zahl korrekt gelöster Übungsaufgaben (in der Regel 50% der im Semester für das Lösen der Aufgaben erzielbaren Punkte) |
Portfolio | unbenotet | - |
-
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Weitere Hinweise
Bisheriger Angebotsturnus war jedes Sommersemester.
In diesen Studiengängen wird das Modul verwendet:
| Studiengang | Variante | Empf. Beginn 3 | Dauer | Bindung 4 |
|---|---|---|---|---|
| Bioinformatik und Genomforschung / Bachelor of Science [FsB vom 30.09.2016 mit Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018 und 01.07.2019] | 1-Fach (fw) | 4. | ein Semester | Pflicht |
Automatische Vollständigkeitsprüfung
In diesem Modul kann eine automatische Vollständigkeitsprüfung vom System durchgeführt werden.
Legende
- 1
- Die Modulstruktur beschreibt die zur Erbringung des Moduls notwendigen Prüfungen und Studienleistungen.
- 2
- LP ist die Abkürzung für Leistungspunkte.
- 3
- Die Zahlen in dieser Spalte sind die Fachsemester, in denen der Beginn des Moduls empfohlen wird. Je nach individueller Studienplanung sind gänzlich andere Studienverläufe möglich und sinnvoll.
- 4
- Erläuterungen zur Bindung: "Pflicht" bedeutet: Dieses Modul muss im Laufe des Studiums verpflichtend absolviert werden; "Wahlpflicht" bedeutet: Dieses Modul gehört einer Anzahl von Modulen an, aus denen unter bestimmten Bedingungen ausgewählt werden kann. Genaueres regeln die "Fächerspezifischen Bestimmungen" (siehe rechtes Menü).
- SL
- Studienleistung
- Pr
- Prüfung
- bPr
- Anzahl benotete Modul(teil)prüfungen
- uPr
- Anzahl unbenotete Modul(teil)prüfungen
-
- Diese Leistung kann gemeldet und verbucht werden.