Modul 39-Inf-12 Sequenzanalyse

Fakultät

Technische Fakultät

Modulverantwortliche*r

Herr Prof. Dr. Jens Stoye

Turnus (Beginn)

Jedes Sommersemester

Leistungspunkte und Dauer

10 Leistungspunkte

Die Angaben zur Moduldauer finden Sie bei den Studiengängen, in denen das Modul verwendet wird.

Kompetenzen

Den Studierenden werden die theoretischen Grundlagen der Sequenzanalyse vermittelt, sie lernen die gängigen Werkzeuge kennen und sammeln praktische Erfahrung mit diesen Werkzeugen.

Students learn theoretical fundamentals of sequence analysis, get to know common tools and gain practical experience in using these.

Lehrinhalte

In diesem Modul werden die gängigen Techniken der Sequenzanalyse behandelt: Exakte und approximative Textsuche, paarweises und multiples Alignment, Datenstrukturen zur Indizierung von Texten, Werkzeuge zur schnellen Sequenzdatenbanksuche.

This module covers common techniques in sequence analysis: Exact and approximative string matching, pairwise and multiple alignment, text index datastructures, tools for fast database search.

Empfohlene Vorkenntnisse

39-Inf-AD Grundlagen der Algorithmen und Datenstrukturen

Notwendige Voraussetzungen

Erfolgreicher Abschluss des Moduls 39-Inf-1: Algorithmen und Datenstrukturen oder 39-Inf-PP Prinzipien der Programmierung

Erläuterung zu den Modulelementen

Modulstruktur: 1 SL, 1 bPr ¹

Veranstaltungen

Sequenzanalyse

Art Übung

Turnus SoSe

Workload⁵ 30 h (30 + 0)

LP 1

Sequenzanalyse

Art Vorlesung

Turnus SoSe

Workload⁵ 60 h (45 + 15)

LP 2

Sequenzanalyse-Praktikum

Art Übung

Turnus WiSe

Workload⁵ 150 h (60 + 90)

LP 5 [SL]

Studienleistungen

Zuordnung Prüfende	Workload	LP²
Lehrende der Veranstaltung Sequenzanalyse-Praktikum (Übung) Bearbeitung von Praktikumsaufgaben (Literaturarbeit, Programmierung, Datenanalyse) mit anschließender Anfertigung eines Ergebnisprotokolls, Referat (30 - 45 Minuten) mit Ausarbeitung (5 - 10 Seiten). Attending to practical assignments (literature research, programming, data analysis) including subsequent preparation of resolution minutes, oral presentation (30 - 45 minutes) and paper (5 - 10 pages).	siehe oben	siehe oben

Prüfungen

Portfolio mit Abschlussprüfung

Zuordnung Prüfende Modulverantwortliche*r prüft oder bestimmt Prüfer*in

Gewichtung 1

Workload 60h

LP² 2

Portfolio mit Abschlussprüfung bestehend aus:
1) Portfolio von Übungen zu Inhalten der Vorlesung
Übungsaufgaben oder Programmieraufgaben, die veranstaltungsbezogen gestellt werden (Bestehensgrenze 50% der erzielbaren Punkte). Die Kontrolle der Übungsaufgaben umfasst auch direkte Fragen zu den Lösungsansätzen, die von den Studierenden in den Übungen beantwortet werden müssen. Der*die Lehrende kann ein individuelles Erläutern und Vorführen von Aufgaben verlangen (zweimaliges Vorrechnen von Übungsaufgaben nach Aufforderung) sowie einen Teil der Übungsaufgaben durch Präsenzübungen ersetzen. Die Übungsaufgaben im Rahmen des Portfolios werden in der Regel wöchentlich ausgegeben und dienen dem begleitenden Erlernen selbständiger Umsetzungen der in der Vorlesung vorgestellten Lerninhalte.

2) einer Abschlussprüfung zur Vorlesung
Die Abschlussprüfung zu den Inhalten der Vorlesung nimmt Bezug auf die Übungs- oder Programmieraufgaben oder entwickelt sich aus den in den Übungen erlernten Kompetenzen.
Eine weitergehende Konkretisierung insbesondere zum zeitlichen Umfang der Abschlussprüfung erfolgt in der Beschreibung der Veranstaltung.

Abschlussklausur (im Umfang von ca. 90 Minuten) oder mündliche Abschlussprüfung (im Umfang von ca. 15 -25 Minuten) zu den in der Vorlesung vermittelten und in den Übungen erarbeiteten Inhalten.

Die Klausur kann alternativ als eKlausur, Open Book Klausur oder eOpen Book Klausur geprüft werden. Im Falle von Open Book Klausur und eOpen Book Klausur beträgt der Umfang 120-180 Minuten.

Beide Portfolioelemente werden durch eine*n Prüfer*in geprüft. Es erfolgt eine abschließende Gesamtbewertung.

Portfolio of homework assignments accompanying the lecture, usually given weekly, and final written exam (90 min) or oral exam (15 - 25 min). The assignments complement and deepen the content of the lecture.
Participation in the tutorials (explaning solutions of assignments twice upon request). The lecturer may replace parts oft he homework assignments by attendance assignments. Proof of a sufficient amount of correctly solved assignments (usually 50% of the maximum total score in the semester). The final exam covers the content of the lecture and the assignments, and serves for grading. The lecturer announces at the beginning oft he lecture whether the module is concluded by a written or an oral exam.

In diesen Studiengängen wird das Modul verwendet:

Studiengang	Variante	Profil	Empf. Beginn ³	Dauer	Bindung ⁴
Bioinformatik und Genomforschung / Bachelor of Science [FsB vom 30.09.2016 mit Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018, 01.07.2019 und 16.08.2021]	1-Fach (fw)		2.	zwei Semester	Pflicht
Bioinformatik und Genomforschung / Master of Science [FsB vom 30.09.2016 mit Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018, 04.06.2020 und 31.03.2023]			1.	zwei Semester	Wahlpflicht
Informatik / Bachelor of Science [FsB vom 16.05.2023 mit Änderung vom 01.08.2023]	Kernfach (fw)	Bioinformatik	3.	zwei Semester	Pflicht
Informatik / Bachelor [FsB vom 16.05.2023 mit Änderung vom 01.08.2023]	Nebenfach (fw)	Praktische Informatik	3. o. 5.	zwei Semester	Wahlpflicht
Informatik / Bachelor [FsB vom 16.05.2023 mit Änderung vom 01.08.2023]	Nebenfach (fw)	Technische Informatik	3. o. 5.	zwei Semester	Wahlpflicht
Informatik / Bachelor of Science [FsB vom 04.06.2020 mit Änderung vom 15.12.2021]	Kernfach (fw)	Bioinformatik	2.	zwei Semester	Pflicht
Informatik / Bachelor [FsB vom 04.06.2020 mit Änderung vom 15.12.2021]	Nebenfach (fw)	Praktische Informatik	5.	zwei Semester	Wahlpflicht
Informatik / Bachelor [FsB vom 04.06.2020 mit Änderung vom 15.12.2021]	Nebenfach (fw)	Technische Informatik	5.	zwei Semester	Wahlpflicht
Informatik / Bachelor [FsB vom 30.09.2016 mit Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018, 15.11.2019 und 16.08.2021]	Nebenfach (fw)	Praktische Informatik	5.	zwei Semester	Wahlpflicht
Informatik / Bachelor [FsB vom 30.09.2016 mit Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018, 15.11.2019 und 16.08.2021]	Nebenfach (fw)	Technische Informatik	5.	zwei Semester	Wahlpflicht
Interdisziplinäre Biomedizin / Master of Science [FsB vom 02.07.2018 mit Änderungen vom 16.05.2023 und 28.03.2024]		Bioinformatics	2.	zwei Semester	Wahlpflicht
Interdisziplinäre Biomedizin / Master of Science [FsB vom 02.07.2018 mit Änderungen vom 16.05.2023 und 28.03.2024]		Health Science	2.	zwei Semester	Wahlpflicht
Naturwissenschaftliche Informatik / Master of Science [FsB vom 30.09.2016 mit Berichtigung vom 10.01.2017 und Änderungen vom 15.09.2017, 02.05.2018, 04.06.2020 und 31.03.2023]			2.	zwei Semester	Wahlpflicht

Automatische Vollständigkeitsprüfung

In diesem Modul kann eine automatische Vollständigkeitsprüfung vom System durchgeführt werden.

Frühere Version dieses Moduls

39-Inf-12_ver1 Sequenzanalyse

Legende

1: Die Modulstruktur beschreibt die zur Erbringung des Moduls notwendigen Prüfungen und Studienleistungen.
2: LP ist die Abkürzung für Leistungspunkte.
3: Die Zahlen in dieser Spalte sind die Fachsemester, in denen der Beginn des Moduls empfohlen wird. Je nach individueller Studienplanung sind gänzlich andere Studienverläufe möglich und sinnvoll.
4: Erläuterungen zur Bindung: "Pflicht" bedeutet: Dieses Modul muss im Laufe des Studiums verpflichtend absolviert werden; "Wahlpflicht" bedeutet: Dieses Modul gehört einer Anzahl von Modulen an, aus denen unter bestimmten Bedingungen ausgewählt werden kann. Genaueres regeln die "Fächerspezifischen Bestimmungen" (siehe Navigation).
5: Workload (Kontaktzeit + Selbststudium)
SoSe: Sommersemester
WiSe: Wintersemester
SL: Studienleistung
Pr: Prüfung
bPr: Anzahl benotete Modul(teil)prüfungen
uPr: Anzahl unbenotete Modul(teil)prüfungen
: Diese Leistung kann gemeldet und verbucht werden.