Das Institut für die Simulation komplexer Systeme (ISKOS) wurde im Herbst 1995 ausgehend von einer gemeinsamen Initiative der Fakultät für Physik und der Technischen Fakultät gegründet. Geschäftsführender Leiter des ISKOS ist derzeit Prof. Dr. Frithjof Karsch (Fakultät für Physik).
Das ISKOS bietet ein Forum zur Diskussion und Analyse gemeinsamer Strukturen von komplexen Systemen wie sie in unterschiedlichen Wissenschaftsdisziplinen Untersucht werden. Es bietet einführende Kurse in Nutzung massiv paralleler Rechner an und koordiniert ein fächerübergreifendes Kolloquium zu Fragen der Simulation komplexer Systeme.
Es ist auch ein Kompetenzzentrum für die Simulation komplexer System auf Höchstleistungsrechnern und die damit verbundenen Probleme der Algorithmen und die Adaption der Probleme auf parallelen Systemen.