392218 Visual Bioimage Data Mining (Pj) (WiSe 2011/2012)

In diesem Projekt sollen Studenten der Biologie, Systembiologie, Bioinformatik, Biotechnologie, etc zusammen Methoden entwickeln, um Infektionsprozesse auf mikroskopischer Ebene mittels Immunifluoreszenz-Labeling zu untersuchen. Auf der Seite der Biologie / Systembiologie soll durch experimentelle Laborarbeit ein Bilddatensatz erstellt und annotiert werden. Entscheidend ist dabei eine enge Kooperation mit den InformatikerInnen, um die semantische Interpretation der Daten zu automatisieren. Auf der Seite der Informatik sollen Verfahren entwickelt und imlementiert werden, um Zellen/Strukturen in denFluoreszenzmikroskopiedaten zu segmentieren und zu klassifizieren. Dabei sollen sowohl klassische Methoden der digitalen Bildverarbeitung als auch maschinelle Lernverfahren zum Einsatz kommen. Besonderer Schwerpunkt liegt in der bequemen späteren Nutzbarkeit der Lösung im Labor. So soll das System in einer client-server Struktur entwickelt werden, so dass es möglichst einfach durch ein webinterface bedient werden kann.