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392013 Phylogenetics (V) (SoSe 2020)

Inhalt, Kommentar

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik und umfasst ein großes Repertoire an algorithmischen Problemstellungen und Lösungstechniken. In dieser Vorlesung werden traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Dabei liegt ein klarer Schwerpunkt auf der algorithmischen Problembehandlung, welche über die Phylogenetik hinaus Anwendung finden:

  • Graphentheorie
  • Dynamische Programmierung
  • Komplexitätsanaylse
  • Clusteringverfahren
  • Maximum Likelihood

Themen werden u.a. sein:

  • Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
  • Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
  • Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
  • Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
  • Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Die Vorlesung wird online abgehalten werden. Inhalte sind in einem ausführlichen Vorlesungsskript erläutert und werden per Online-Vorlesung und -Tutorium (live) mithilfe von weiteren Abbildungen und eines digitalen Whiteboards erarbeitet. Weitere Details hierzu werden im Lernraum bekanntgegeben.

Literaturangaben

  • J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
  • R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
  • D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
  • D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
  • M.A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

Externe Kommentarseite

https://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2020summer/phylogenetik

Lehrende

Termine (Kalendersicht )

Rhythmus Tag Uhrzeit Format / Ort Zeitraum  
wöchentlich Mo 10-12 U10-146 06.04.2020-17.07.2020
nicht am: 11.05.20

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Klausuren

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Fachzuordnungen

Modul Veranstaltung Leistungen  
39-Inf-AB Algorithmen der Bioinformatik Ausgewählte Vorlesung zu Algorithmen der Bioinformatik unbenotete Prüfungsleistung
benotete Prüfungsleistung
Studieninformation

Die verbindlichen Modulbeschreibungen enthalten weitere Informationen, auch zu den "Leistungen" und ihren Anforderungen. Sind mehrere "Leistungsformen" möglich, entscheiden die jeweiligen Lehrenden darüber.

Konkretisierung der Anforderungen
Keine Konkretisierungen vorhanden
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