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392170 CELLmicrocosmos Cell Modelling (Pj) (SoSe 2012)

Kurzkommentar

Vorbesprechung: Mittwoch, 13.04.2011, 14:00 Uhr c.t.

Inhalt, Kommentar

Projekt zum neuen Modul: Interdisziplinäre ZellVisualisierung für Naturwissenschaftliche Informatik, Bioinformatik und Genomforschung, Molekulare Biotechnologie, Medienwissenschaften, Medieninformatik und Gestaltung

Zur Modulbeschreibung ...

(Kann auch unabhängig vom Modul belegt werden.)

Abstract

Das CELLmicrocosmos Projekt beschäftigt sich mit der drei-dimensionalen Modellierung und 3D-stereoskopischen Visualisieren von Zellen. Zwei Hauptanwendungen sind aus diesem Projekt bisher hervorgegangen:

Der CELLmicrocosmos CellExplorer (CmCX) bietet eine virtuelle interaktive Zellumgebung, die sowohl für wissenschaftliche als auch edukative Zwecke eingesetzt wird. Dabei wird sowohl auf mikroskopische als auch abstrakt modellierte Zellkomponenten zurückgegriffen, die bedarfsweise mit biologischen Netzwerken verknüpft werden können. Touren durch die Zelle können erstellt sowie HTML-Informationsseiten hinzugefügt werden.

Der CELLmicrocosmos MembraneEditor (CmME) ermöglicht die Generierung von biologischen Membranen basierend auf PDB-Struktur-Dateien. Neben der Entwicklung neuer Algorithmen für den CmME ist es auch möglich, sich an unseren Ausflügen ins Reich der Molekular Dynamischen Simulationen zu beteiligen. Hier werden die in CmME generierten Membranen als Grundlage für die Berechnung einer möglichst realistischen atomaren Struktur mit Hilfe externer Programme genutzt.

Thematik: 3D-Stereoskopische Animation

Neben den oben aufgeführten Themen wird diesmal die 3D-stereoskopische Visualisierung und Animation im Vordergrund stehen. Hierzu werden teilweise auf Techniken zurückgegriffen werden, die in unserem Stereoskopie-Seminar vom letzten Semester erarbeitet und vorgestellt wurden. Dabei kann auf bereits vorhandene 3D-Modelle zurückgegriffen werden, sowie auch neue Modelle erstellt werden können. Software wir 3ds Max und Blender können benutzt werden. Kurze Einführungen in diese Programme sowie Vorstellung verwandter Arbeiten wird es zu Beginn des Semesters geben.

Ablauf

Die genauen Inhalte werden sich nach dem Kenntnisstand der Teilnehmer richten. Der zeitliche Ablauf des Projektseminars wird in den ersten Sitzungen festgelegt werden.
Möglicher Ablauf:

  • Recherche und Analyse zu bereits vorhandenen Ansätzen
  • Präsentation der Ergebnisse (Referate)
  • Konzeption des Projektes
  • Programmieren in Gruppen
  • Abschlusspräsentation

Programmierung/Modellierung

Als Programmiersprache kommt eine Kombination aus Java und Java3D zum Einsatz. Für die Modellierung mit amira wird keine Programmierung benötigt. Für die 3D-Stereoskopische Visualisierung stehen mehrere Workstations mit entsprechenden Monitoren zur Verfügung.

Formate

Die Zellkomponenten liegen im VRML97/WRL-Format vor. Zell-Editor-Dateien werden per XML verwaltet. Die Membranen liegen sowohl im PDB-Format als auch in einem projekt-eigenen XML-Format vor.

Vorbesprechung

Mittwoch, 04.04.2012, 14:00 Uhr c.t., Raum C5-151

Teilnahmevoraussetzungen, notwendige Vorkenntnisse

Die Teilnehmer werden in alle Arbeitsprozesse wie Entwurf, Konzeption, Realisierung, Kommentierung etc. involviert sein. Eigeninitiative und -organisation sind wichtige Eigenschaften, die jeder Teilnehmer mit- und einbringen sollte.

Zellbiologische oder stoffwechsel-bezogene Vorkenntnisse sind sehr hilfreich, aber nicht obligatorisch für die Teilnahme. Erste programmierpraktische Erfahrungen sind diesmal nicht unabdingbar. Voraussetzung ist natürlich die Bereitschaft, sich in das jeweilige Themengebiet einzuarbeiten.

Externe Kommentarseite

http://www.CELLmicrocosmos.org

Lehrende

Termine (Kalendersicht )

Rhythmus Tag Uhrzeit Ort Zeitraum  
wöchentlich Mi ab 14:15 C5-151 02.04.2012-13.07.2012

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Klausuren

  • Keine gefunden

Fachzuordnungen

Studiengang/-angebot Gültigkeit Variante Untergliederung Status Sem. LP  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netzw; Informationssysteme Wahlpflicht 2. 4. 3  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Projekt Bioinformatik Wahlpflicht 2. 4. 10  
Bioinformatik und Genomforschung / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Individueller Ergänzungsb Wahl 5  
Medieninformatik und Gestaltung / Bachelor (Einschreibung bis SoSe 2011) Wahlpflicht 5  
Medieninformatik und Gestaltung / Bachelor (Einschreibung bis SoSe 2011) Individueller Ergänzungs Wahl 5  
Medienwissenschaft, interdisziplinäre / Master (Einschreibung bis SoSe 2014) Hauptmodul 4 Wahlpflicht 5  
Medienwissenschaft, interdisziplinäre / Master (Einschreibung bis SoSe 2014) Wahl 2. 4. 5  
Molekulare Biotechnologie / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Individuelle Ergänzung Wahl 5  
Molekulare Biotechnologie / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netz; Informationssysteme Wahlpflicht 5.  
Naturwissenschaftliche Informatik / Diplom (Einschreibung bis SoSe 2004) allgem.HS Pflicht GS und HS
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Analyse Metabolischer Netzw; Informationssysteme in der mol Wahlpflicht 2. 4. 3  
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Individuelle Ergänzung Wahl 5  
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Vertiefung Informatik I; Individuelle Ergänzung Wahlpflicht 2. 4. 5  
Naturwissenschaftliche Informatik / Master (Einschreibung bis SoSe 2012) Projekt II Wahlpflicht 2. 4. 10  
Konkretisierung der Anforderungen
Keine Konkretisierungen vorhanden
Lernraum
TeilnehmerInnen
Automatischer E-Mailverteiler der Veranstaltung
Änderungen/Aktualität der Veranstaltungsdaten
Sonstiges