In dieser Vorlesung werden praktische Anwendungen und Problemstellungen beim Einsatz bioinformatischer Techniken in der Genomforschung behandelt. Das Modul basiert auf den praktischen Erfahrungen der in Bielefeld durchgeführten Genom- und Postgenomprojekte. Die folgenden Bereiche sollen abgedeckt werden: Datenformate der Bioinformatik, Sequenzerstellung/Genomassemblierung, Genvorhersage (besonders bei Prokaryonten mit einem Seitenblick auf Eukaryonten), Genomannotation, (hier besonders verfügbare Werkzeuge und Datenbanken), Speicherung und Analyse von Expressionsdaten, DNA Microarrays und Massenspektren. In Ergänzung zu den theoretischen Kenntnissen sollen die Studierenden die praktische Anwendung der bioinformatischen Methoden der Genomforschung erlernen. Neben der Kenntnis der Softwarewerkzeuge und Datensammlungen und ihres jeweiligen Einsatzbereiches und der Fähigkeit entsprechende automatisierte Pipelines zu erstellen, soll auch die Qualitätsabschätzung der gewonnenen Ergebnisse behandelt werden. Im zugehörigen Praktikum im SS werden Pipelines für beispielhafte Probleme aus realen Genomprojekten durch die Studierenden erstellt und gemeinsam bewertet. Die dazu erforderlichen grundlegenden Kenntnisse in der Programmiersprache Perl werden in der Übung erarbeitet.
Rhythmus | Tag | Uhrzeit | Format / Ort | Zeitraum |
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Modul | Veranstaltung | Leistungen | |
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20-GBSB-MM-VI Angewandte Bioinformatik | Angewandte Bioinformatik I | Studienleistung
benotete Prüfungsleistung |
Studieninformation |
20-GBSB-MM-VI_a Angewandte Bioinformatik | Angewandte Bioinformatik I | Studienleistung
benotete Prüfungsleistung |
Studieninformation |
Angewandte Bioinformatik II | unbenotete Prüfungsleistung
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Studieninformation | |
39-M-Inf-ABI Angewandte Bioinformatik | Angewandte Bioinformatik | Studienleistung
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Studieninformation |
Die verbindlichen Modulbeschreibungen enthalten weitere Informationen, auch zu den "Leistungen" und ihren Anforderungen. Sind mehrere "Leistungsformen" möglich, entscheiden die jeweiligen Lehrenden darüber.
Zu dieser Veranstaltung existiert ein Lernraum im E-Learning System. Lehrende können dort Materialien zu dieser Lehrveranstaltung bereitstellen: